и одновременноПервым заместителем Председателя Государственного Комитета РФ по поддержке и развитию малого предпринимательства.
В 1998 году А.Н. Котюсов вновь работает в команде Бориса Немцова. Ему было поручено возглавить секретариат вице-премьера Правительства Российской Федерации Б.Е. Немцова. Спустя год А. Котюсов становится исполнительным директором Национального Фонда региональной политики (Москва). В это же время (1999 г) он участвует в выборах в Государственную Думу в качестве кандидата по спискам партии «Союза Правых Сил».
После неудачного избрания в Государственную Думу Александр Котюсов был назначен руководителем Волго-Вятского территориального управления Министерства РФ по делам печати, телерадиовещания и средств массовых коммуникаций в Нижнем Новгороде (1999–2000 гг.). Это было новое структурное подразделение при Министерстве по делам печати, телерадиовещания и средств массовой информации, которое было призвано контролировать действия государственных и коммерческих организаций в вопросах лицензирования полиграфической деятельности, регистрации рекламных агентств, а также лицензирование Интернет-ресурсов. Это было достаточно крупное территориальное управление, включающее в себя такие регионы как Нижегородская область, Киров, республика Мари-Эл, Мордовия и Чувашия.
С 2000 г. по 2001 г. А. Котюсов руководит Приволжским окружным управлением Министерства РФ по делам печати, телерадиовещания и СМИ (Нижний Новгород). Спустя год Котюсов вновь возвращается в Москву к своему другу и соратнику, а также и покровителю Б. Немцову. Он назначается руководителем аппарата фракции «Союз Правых Сил» в Государственной Думе Российской Федерации.
В декабре 2002 года А. Котюсов получил освободившейся мандат депутата Государственной Думы РФ третьего созыва от партии «СПС» («Союз Правых Сил»). В Государственной Думе Котюсов назначается на должность председателя Комитета ГД по образованию и науке.
С февраля 2004 года Котюсов является руководителем Управления телевидения и радио Министерства по делам печати, телерадиовещания и средств массовой информации.
По окончании своей политической и государственной деятельности, в феврале 2005 года А. Котюсов принимает решение серьезно заняться бизнесом и становится заместителем генерального директора, а чуть позже и генеральным директором нижегородского нефтяного концерна «Нефтяной».
Через полгода А. Котюсов становится президентом Группы Компаний «ПИР», ее Нижегородского подразделения. Эту организацию можно назвать «современной версией общепита». Компания занимается строительством ресторанов, кафе, развлекательных клубов, а также развитием индустрии гостеприимства в Приволжском регионе. В должности президента ГК «ПИР» Нижнего Новгорода А. Котюсов трудится по настоящее время.