По мере раскручивания сюжета зрители получают противоречивые сведения касательно того, Избранный Нео или нет. Чтобы подтвердить избранность Нео, Морфеус (чья вера в Нео непоколебима) отводит его к Пифии. В словах Пифии таится двусмысленность: она намекает на то, что он не Избранный, но не говорит об этом прямо. Вдобавок она сообщает Нео плохие новости. Оказывается, Морфеус, убежденный в том, что он нашел Избранного, отдаст свою жизнь ради спасения Нео, и Нео придется решать — оставлять Морфеуса умирать или пожертвовать своей жизнью для того, чтобы освободить вождя повстанцев. Этот выбор обретает теологическое значение в последних сценах фильма.
Однако еще до великолепного кульминационного подтверждения того, что Нео и есть Избранный, в фильме дается явный намек на чудесное воскрешение Лазаря.[136] Когда агенты берут Морфеуса в плен, Нео понимает, что пророчество Пифии сбывается, и отправляется спасать Морфеуса. Спасение Морфеуса становится самым эффектным и восхитительным экшн-эпизодом в фильме. Во время этого эпизода Морфеуса держат в длинной узкой комнате, похожей на пещеру, в которой был похоронен Лазарь. Нео пикирует на вертолете, чтобы спасти Морфеуса, находящегося в почти коматозном состоянии. Приказ Нео «Морфеус, вставай! Вставай!» сродни приказу Иисуса «Лазарь, иди вон!»[137] В обоих случаях именно сила, исходящая от посредников спасения (Нео и Иисуса), поднимает людей из могил, откуда они выходят со связанными руками и ногами.[138] С точки зрения теологии, оба эти примера отмечают поворотный момент в карьерах Иисуса и Нео. В Евангелии от Иоанна воскрешение Лазаря рассматривается как вершина и поворотный момент служения Иисуса, так как именно во время этого последнего и наиболее впечатляющего чуда Иисус привлекает к себе достаточно людей, чтобы они начали представлять общественную угрозу.[139] Соответственно, в «Матрице» это драматичное и казавшееся невозможным спасение — которое можно назвать, самое малое, чудесным — прогоняет все последние сомнения, остававшиеся у Тринити и у Танка по поводу избранности Нео. Кроме того, именно в этот момент агенты, которых раньше занимал Морфеус, переключают свое внимание на Нео.
В последующих кадрах содержится немало элементов, имеющих отношение к повествованию о страстях Господних.[140] Нео дерзко и беспощадно врывается в правительственное здание, поразительно напоминая Христа, очищающего Храм, хотя действия Нео, видимо, куда более жестоки. Это сравнение менее натянуто, чем могло бы показаться, потому что Храм и правительственное здание являются центрами правящих властей, которым противостоят Иисус и Нео. Разумеется, в глазах Иисуса по своей сути Храм — благое место, ставшее греховным, тогда как правительственное здание — это прибежище исключительно злой силы без всяких искупающих свойств.