Хотя программное обеспечение Матрицы не может внедрить или удалить модуль, пока его объект наблюдаем, оно позволяет любому модулю изменить внешний вид. Этим пользуются агенты, где бы они ни входили в виртуальный мир. Агент никогда не материализуется и не дематериализуется, но вместе с тем он изменяет внешность виртуального воплощения другого человека, чтобы она соответствовала личным качествам агента.
Чтобы сделать повстанца незаметным, компьютер «Навуходоносора» модифицирует видимую телесную оболочку, делая ее прозрачной, а также меняет механическое сопротивление тела сопротивлению воздуха. С точки зрения наблюдателя, тело растворяется прямо в воздухе. С точки зрения программы, модуль данных все еще находится в регистре, но имитирует тело, неотличимое от разреженного воздуха. Затем, когда наблюдателей не остается, модуль выводится из регистра.
Мы видим это лишь раз, когда Морфеус покидает метро. Стоило компьютеру на «Навуходоносоре» определить местонахождение виртуального воплощения Морфеуса, он послал команду сделать виртуального Морфеуса невидимым. Подобная операция не влияет на все воплощение сразу: модулю необходимо проверить свою внешность и сделать так, чтобы она в точности соответствовала окружению. Первой получает команду нервная ткань уха, и состояние прозрачности предваряется ярко-белой вспышкой. Затем исчезает из виду все тело. Контуры тела заставляют вибрировать все, что видно на заднем фоне, — мы видим, как моментально начинает мерцать все там, где стоит Морфеус. Потом контуры его тела расплываются: через несколько секунд после того, как Морфеус стал невидимым, телефонная трубка, которую он держал в руках, начинает медленно падать на пол. Данный эпизод совпадает, скорее, с изменением внешности, а не со внезапным выведением модуля тела из регистра помещения.
Телефоны играют главную роль в процедуре входа в Матрицу и выхода из нее. Однако повстанцы путешествуют по телефонным линиям не как энергетические импульсы. На том конце телефонного провода не существует такого устройства, которое бы воссоздало человеческое тело из совокупности данных. В этом случае вы ничего бы не получили, кроме шума и треска в телефонной трубке. Более того — пропускная способность телефонной линии слишком мала, чтобы переслать целого человека. Раз уж на то пошло, в мире Матрицы вообще ничего не проходит по телефонным линиям, потому что они виртуальные.
Вместо того чтобы служить каналом для транспортировки дематериализованных мятежников в Матрицу, телефонная линия становится средством навигации. Она точно указывает повстанцу место входа в Матрицу или выхода из нее.