Новые возможности Нео контрастируют со строгим соблюдением смоделированных Матрицей физических законов. Она обнаруживает, что Нео приобрел прямой доступ к программным модулям, имитирующим его виртуальное тело. В связи с этим возникают два вопроса: во-первых, почему программа, обеспечивающая виртуальное воплощение, соглашается с командами, которые трансформируют ее саму, тогда как обычно она жестко следует симуляция физических законов? И, во-вторых, каким образом мозг Нео оказывается способен отдавать команды, очевидно выходящие за пределы стандартных мышечных сигналов?
Симулирующая виртуальное воплощение программа должна иметь специальный порт. Он предназначен лишь для агентов, получающих команду изменить внутренние свойства виртуального тела. Агенты используют это устройство для проникновения в человеческие виртуальные воплощения. Как любая компьютерная программа, виртуальное тело будет выполнять эти команды независимо от того, откуда они были получены, при условии, что они правильно сформулированы. Мы уже видели, как компьютер «Навуходоносора» использовал эту преобразующую возможность, чтобы заставить Морфеуса исчезнуть из метро. Теперь мозг Нео задействует тот же самый командный порт напрямую.
Команды, изменяющие тело, не могут идти по проводам, по которым от мозга к модулю виртуального воплощения идут мышечные сигналы. Поэтому они задействуют отдельные из многих других, по-видимому, резервных линий передачи данных, охватывающих остальной мозг. То, что эти линии полностью подключены к Матрице, является побочным продуктом использования создателем Матрицы универсальных интерфейсов. Когда новорожденного подключают к программному модулю, управляющему его виртуальным воплощением, нет никакой возможности предопределить, какие информационные потоки будут проходить по каким проводам. Итак, в основе Матрицы каждая линия свободно подключается к любому информационному порту модуля виртуального воплощения. Некоторые информационные порты посылают искусственные сигналы из виртуальных глаз и из других органов чувств, и эти порты будут соединяться с сенсорной корой головного мозга. Другие порты будут принимать двигательные команды, чтобы выполнить искусственные сокращения виртуальных мышц, и они будут связаны с двигательной корой. В ходе ответной реакции, отражающей процесс обретения мозгом естественной пластичности, полезные соединения укрепляются, а бесполезные — ослабляются. Когда новорожденный растет, обратную связь ему обеспечивают через искусственные чувства и мускулы виртуального тела, и поэтому его мозг выстраивает нормальные устойчивые соединения со стандартными каналами входа и вывода. Но маленькому ребенку недостает абстрактных идей, необходимых для использования специального порта, принимающего команды трансформации. Так что соединения мозга с этими линиями атрофируются. Тем не менее аппаратные средства для осуществления этого потенциального соединения остаются на своем месте. Когда Нео осваивает кунг-фу, его мозг снова открывает эти заброшенные информационные линии, и герой начинает задействовать зачаточные возможности трансформации, придающие его виртуальным мышцам невиданную силу. Лишь под воздействием глубокого озарения, пережитого в результате пробуждения после виртуальной смерти, Нео достигает определенного психического уровня, необходимого для того, чтобы полностью задействовать функцию трансформации.