Россия также снарядила на Памир ряд экспедиций. Наиболее значимыми из них были миссии, возглавляемые Брониславом Громбчевским, которому удалось собрать чрезвычайно важные сведения о природе, истории, геологии этого края, а также данные, представлявшие для России военный и колонизаторский интерес.
В 1885 году Громбчевский был командирован в Кашгарию (запад Китая), где провел подробную топографическую съемку местности от Кашгара до Хотана. Три года спустя новая экспедиция была направлена в Канджут (восточная оконечность Гиндукуша). В ходе этой миссии русскому отряду удалось побывать в совершенно неизвестных ранее районах и, преодолев все тяготы пути во время переходов через труднодоступные перевалы и ледники Алая, Памира, Гиндукуша и Тянь-Шаня, через 4 месяца вернуться в Россию. Итогом этого похода стали топографическая съемка почти 1,5 тысячи километров дороги, установленные 14 астрономических и 158 высотных пунктов, определение высоты 81 перевала и данные по открытию залежей свинцовой и медной руды, а также соли. Помимо этого, экспедицией были собраны самые разные коллекции и многочисленные этнографические и географические сведения, существенно изменившие картографию этих районов.
Ответный удар
В это время ситуация на самом Памире радикально изменилась. В 1888 году наместник Северного Афганистана, Исхак-хан, заявивший о самостоятельности подвластных ему территорий, обратился к русскому царю с просьбой о защите и покровительстве. И хотя Россия почла за лучшее воздержаться от вооруженной помощи, войска афганского эмира Абдурахмана бежали, очистив Северный Афганистан, и в памирские ханства и Бадахшан вернулись их законные правители.
Все это повергло британские власти в шок. Мало того, что Афганистан, всегда считавшийся мощным региональным государством, играл в их планах раздела Памира едва ли не ключевую роль, в подобной ситуации становилась более чем реальной возможность увидеть у границ Индии русские войска! Но так как промедление было смерти подобно, англичане, едва оправившись от потрясения, решили в срочном порядке форсировать реализацию плана Макгрегора. Осознав непрочность Афганистана, ост-индское правительство вознамерилось укрепиться на южном склоне Гиндукуша и подчинить своему влиянию все, что удастся, к северу от него. К середине 1889 года войсками афганского эмира было осуществлено повторное завоевание Северного Афганистана, причем вновь были захвачены и все памирские ханства, а влияние британской короны распространилось на север Индии — Канджут, Чатрар, Кашмир — к самым границам России. К тому же англичане постоянно наращивали темп военно-стратегических исследований в этом регионе.