В 1836 г. после очередной реорганизации в составе военного министерства был образован департамент генерального штаба, состоящий из трех отделений. При этом разведывательные функции возлагались на Второе (военно-ученое) отделение департамента генерального штаба. Однако это отделение по-прежнему занималось только обработкой поступающей из министерства иностранных дел информации.[32]
Поражение России в Крымской войне заставило руководство военного министерства обратить самое пристальное внимание на разведку. И уже 10 июля 1856 г. Александр II утвердил первую инструкцию о работе военных агентов. В ней указывалось, что «каждому агенту вменяется в обязанность приобретать наивозможно точные и положительные сведения о нижеследующих предметах:
1) О числе, составе, устройстве и расположении как сухопутных, так и морских сил.
2) О способах правительства к пополнению и умножению вооруженных сил своих и к снабжению войск и флота оружием и другими военными потребностями.
3) О различных передвижениях войск, как приведенных уже в исполнение, так и предполагаемых, стараясь по мере возможности проникнуть в истинную цель сих передвижений.
4) О нынешнем состоянии крепостей, предпринимаемых новых фортификационных работах для укрепления берегов и других пунктов.
5) Об опытах правительства над изобретениями и усовершенствованиями оружия и других военных потребностей, имеющих влияние на военное искусство.
6) О лагерных сборах войск и о маневрах.
7) О духе войск и образе мыслей офицеров и высших чинов.
8) О состоянии различных частей военного управления, как то: артиллерийского, инженерного, комиссариатского, провиантского со всеми их отраслями.
9) О всех замечательных преобразованиях в войсках и изменениях в воинских уставах, вооружении и обмундировании.
10) О новейших сочинениях, касающихся до военных наук, а также о картах-планах издаваемых, в особенности тех местностей, о которых сведения могут быть нам полезны.
11) О состоянии военно-учебных заведений, в отношении устройства их, методов преподавания наук и господствующего духа в этих заведениях.
12) Об устройстве генерального штаба и о степени познаний офицеров, оный составляющих.
(Статья эта для агента, посылаемого в Турцию, где не устроен еще генеральный штаб, заменена следующим пунктом: „О лицах, составляющих военное управление Турции, степени их познаний, способности каждого и доверенности к нему правительства и подчиненных лиц“.)
13) О способах к передвижению войск по железным дорогам, с возможными подробностями о числе войск и времени окончании ими передвижения между данными пунктами.