Однако в 7-м отделении по-прежнему не были разделены добывающие и обрабатывающие функции разведки и не велась работа по руководству разведкой военных округов. Начальником 7-го отделения в 1903 г. назначили генерала Целебровского, до этого руководившего Военно-ученым комитетом Главного штаба. Он возглавлял военную разведку до 1905 г., когда его сменил генерал Н. С. Ермолов, занимавший этот пост до 1906 г.
Поражение России в войне с Японией вскрыло существенные недостатки в организации военной разведки. Война 1904–1905 гг. наглядно показала необходимость не только непрерывной войсковой разведки в период боевых действий, но и постоянного агентурного наблюдения за вероятными противниками, чему, по мнению большинства офицеров-разведчиков, не уделялось должного внимания.
Поэтому военные реформы, которые начали проводить в 1906 г., заставили офицеров-разведчиков приступить к коренной реорганизации своей службы. Осенью 1906 г. в ГУГШ поступили докладные записки нескольких офицеров разведывательного отделения с конкретными предложениями по перестройке деятельности разведорганов. По их мнению, разведкой следовало заниматься штабам приграничных округов под руководством ГУГШ, которое создавало агентурную сеть в важнейших центрах предполагаемых противников, тогда как штабы округов — в приграничных районах прилегающих государств. Еще одним важным звеном в выявлении сил вероятных противников России они считали секретные командировки офицеров Генерального штаба для рекогносцировки путей сообщения и укрепленных районов в приграничной полосе.
В результате в апреле 1906 г. утверждается новая структура ГУГШ. Она впервые официально закрепила разделение добывающей и обрабатывающей функций военной разведки. Добывающие функции были теперь сосредоточены в 5-м (разведывательном) делопроизводстве части 1-го обер-квартирмейстера Управления генерал-квартирмейстера ГУГШ. Оно состояло из одного делопроизводителя и двух его помощников, один из которых отвечал за восточное, а другой — за западное направление разведки. Первым делопроизводителем назначили полковника М. А. Адабаша, а его помощниками — молодых офицеров О. К. Энкеля и П. Ф. Рябикова. А в марте 1908 г. Адабаша сменил полковник Н. А. Монкевиц, руководивший военной разведкой до начала первой мировой войны.
Обрабатывающие функции возложили на части 2-го и 3-го обер-квартирмейстеров: у 2-го — на 2-е, 3-е, 4-е, 5-е и 6-е делопроизводства, а у 3-го — на 1-е, 2-е и 4-е делопроизводства. Сотрудниками этих обрабатывающих делопроизводств стали работники бывшего 7-го отделения.