В связи со сложившейся ситуацией весной 1943 г. командующие фронтами обратились с настоятельной просьбой в Ставку ВГК отменить вышеупомянутый приказ. Просьбу рассмотрели, и приказом наркома обороны от 18 апреля 1943 г. руководство войсковой и агентурной разведки фронтов было возложено на Разведуправление (РУ) Генштаба, которому из ГРУ передавалось управление, отвечающее за проведение агентурной работы и диверсионной деятельности на оккупированной территории СССР. На ГРУ возлагалось ведение зарубежной разведки. Это положение просуществовало до конца войны.
Разведуправление Генштаба размещалось в Москве в доме № 17 по улице Карла Маркса и организационно состояло из следующих отделов:
1-й отдел (начальник — полковник С. И. Зайцев) занимался войсковой разведкой и имел функции главным образом инспекционного характера;
2-й отдел (начальник — генерал-майор Н. В. Шерстнев) занимался агентурной разведкой. Отдел имел четыре направления: северо-западное агентурное (начальник — подполковник Смирнов), западное агентурное (начальник — подполковник Никольский), юго-западное агентурное (начальник — подполковник Соколов) и диверсионное. Заместитель начальника отдела полковник Питалев курировал агентурные направления, а другой заместитель — полковник Косиванов — диверсионное направление;
3-й отдел (начальник — полковник Романов) занимался обработкой поступавшей информации.
Кроме этих трех основных отделов в Разведуправлении были и другие:
— политический отдел (начальник — полковник Мальков);
— отдел радио и радиотехнической разведки;
— следственный отдел, который совместно с 1-м и 2-м отделами работал с военнопленными;
— отдел спецрадиосвязи (начальник — генерал-майор Пекурин);
— отделение спецсвязи для обучения агентов и разведчиков шифрам и поддержанию связи с ними;
— авиаэскадрилья особого назначения для проведения ночных операций (командир — майор Цуцаев).
Тогда же в штабах фронтов вместо разведотделов были созданы разведывательные управления, состоящие из пяти отделов:
1-й отдел руководил работой нижестоящих разведподразделений;
2-й отдел занимался агентурной разведкой;
3-й отдел отвечал за диверсионную работу;
4-й отдел обрабатывал поступавшую разведывательную информацию;
5-й отдел занимался радиоразведкой.
Что же касается разведотделов штабов армий, то они состояли из двух отделений: войсковой разведки и информационного. Говоря об их функциях, стоит обратиться к воспоминаниям М. А. Волошина, летом 1942 г. назначенного начальником разведки 39-й армии:
«Первые дни ушли на ознакомление со структурой разведотдела армии и его сотрудниками. Отдел имел в своем составе два отделения: войсковой разведки и информационное.