После нападения Германии на Советский Союз нелегальная резидентура Черняка не только не прекратила работу, но стала источником важнейших материалов по фашистской Германии. К середине войны она превратилась в мощную разведывательную организацию, включающую в себя около 35 источников ценной информации, в большинстве своем работавших бескорыстно.
Будучи опытным вербовщиком, к тому же хорошо разбирающимся в технических вопросах, Черняк успешно выполнил задание Центра. Он установил с Меем контакт и сумел убедить его в том, что передавая советским представителям сведения об английском атомном проекте, тот окажет СССР посильную помощь в борьбе с фашизмом. В итоге до конца 1942 года Черняк провел с Меем, получившим псевдоним «Алек», несколько тайных встреч, во время которых получил документальную информацию об основных направлениях научно-исследовательских работ по урановой проблеме в Кембридже. Кроме того, Мей передал ему данные по установкам по отделению изотопов урана, описание процесса получения плутония, чертежи «уранового котла» и описание принципов его работы — всего около 130 листов документации. Однако в отличие от К. Фукса, К. Филби, Г. Берджесса и других ведущих советских агентов Мей не испытывал ни малейшего удовольствия от тайной деятельности. Позднее он вспоминал об этом времени так:
«Вся эта история причиняла мне огромную боль, и я занимался этим лишь потому, что считал это своим посильным вкладом в безопасность человечества».
Мей находился на связи у Черняка лишь до конца 1942 года, так как в декабре его перевели в Монреальскую лабораторию Национального научно-исследовательского совета Канады. На последней встрече с Меем Черняк оговорил условия восстановления контактов в Канаде, но без уточнения сроков, так как в это время дипломатических отношений между СССР и Канадой еще не было.
В январе 1943 г. Мей прибыл в Канаду и присоединился к монреальской исследовательской группе Кокрофта. По неизвестным причинам он долгое время оставался без связи с представителями ГРУ, и только в конце 1944 г. Заботин получил приказ установить с ним контакт через Сэма Карра (Шмуль Коган). Карр, национальный секретарь компартии Канады, в 1924 г. был завербовал НКВД, а в 1943 г. его передали на связь канадской резидентуре ГРУ, где он проходил под псевдонимами Сэм и Фрэнк. Заботин, не желая, чтобы НКВД был в курсе оперативной деятельности его резидентуры, послал в Москву телеграмму, в которой просил разрешение установить связь с Меем при помощи своего сотрудника, и в конце концов добился того, что получил приказ действовать самостоятельно.