Теоретически ВСО нацеливали на организацию и ведение зарубежной, стратегической агентурной разведки, однако развернуть ее отдел не мог, так как не имел ни подчиненных штабов, ни негласной агентуры, ни средств на ее организацию. Это была все та же голова без тела. Деятельность отдела заключалась в аналитической работе, составлении общих разведывательных сводок по всему фронту на основании данных, получаемых от штабов войсковых завес, Оперода Наркомвоена, а также от штаба военного руководителя Московского района и французской военной миссии, которая имела свою агентуру.
Таким образом, к лету 1918 г. существовало три независимых центральных органа военной разведки — Военно-статистический отдел Всероглавштаба, разведчасть ВВС и разведчасть Оперода Наркомвоена, не имеющих общего руководства, отсутствовал и аналитический орган, объединяющий и систематизирующий добываемые разными структурами материалы, действия разведок были разобщены и нескоординированы. Это положение всерьез беспокоило остававшихся на службе у большевиков специалистов из Генштаба царской армии. В июле 1918 г. по инициативе сотрудников Всероглавштаба и с одобрения Наркомвоена создается межведомственная Комиссия по организации разведывательного и контрразведывательного дела.
5 июля 1918 г. комиссия приняла «Общее положение о разведывательной и контрразведывательной службе» и «Руководящие соображения по ведению агентурной разведки штабами военных округов». Эти документы, хотя и солидно назывались, но отнюдь не исправляли главного порока советской разведывательной службы, а наоборот, узаконили сложившуюся децентрализованную систему разведывательных органов, всего лишь определив сферу деятельности и компетенцию каждого из них. На ВСО Всероглавштаба возлагалось ведение заграничной — стратегической агентурной разведки как в мирное, так и в военное время. ВВС вменялось в обязанность организовывать и вести разведку в районе демаркационной линии, организовывать агентурную разведку штабов войсковой «завесы». Опероду Наркомвоена поручалось ведение разведки против всех сил, грозивших агрессией Советской республике. На Оперод возлагалась также разведка в оккупированных германскими войсками областях Украины, Польши, Курляндии, Лифляндии, Эстляндии, Финляндии и в Закавказье.[60]
Кроме того, решено было привлечь к организации разведки пограничные военные округа — Беломорский, Московский, Ярославский, Орловский, Северо-Кавказский и все азиатские военные округа. Округам надлежало вести разведку только в сопредельных с ними государствах и территориальных образованиях, появившихся на бывших окраинах России. Однако, поскольку с этими районами связь отсутствовала, а также катастрофически не хватало сил и средств, объем задач существенно сузили. Штабам следовало добывать только сведения, имевшие непосредственное отношение к текущим событиям. Этот принцип и положили в основу деятельности не только штабов пограничных военных округов, но и всех органов военной разведки.