Если говорить об агентуре более конкретно, то, например, разведывательные отделения Оперода Наркомвоена к 1 сентября 1918 г. имели 34 агентов-резидентов, одну агентурную группу в составе шести агентов и двух агентов-маршрутников. Большинство этих людей работало на территории, оккупированной германскими войсками и в основном в городах.[63]
Однако в сентябре 1918 г. наконец-то образован единый коллегиальный орган советской высшей военной власти — Революционный Военный Совет Республики (РВСР). А в октябре 1918 г. из бывшего штаба ВВС и Оперода Нарковоена формируется Штаб РВСР. Начальником Разведывательного отдела Штаба назначают Б. М. Шапошникова, начальником разведывательного отделения этого отдела — капитана Генштаба Федора Леонидовича Григорьева. В начале же октября 1918 г. было объявлено о создании вместо Штаба РВСР Полевого штаба РВСР.[64]
Тогда же для всех стала очевидной и необходимость централизации военных разведслужб. Однако долгое время так и не было принято принципиальное решение — на базе какой из структур объединяться. Руководство Всероглавштаба, все время подталкивавшее процесс объединения, рассчитывало подмять под себя все разведывательные органы. Однако молодые и радикально настроенные офицеры Оперода воспротивились этому. Выступая на заседании РВСР в сентябре 1918 г., капитан Генштаба Георгий Иванович Теодори решительно высказался против включения Оперода во Всероглавштаб, мотивируя это тем, что последний является прибежищем саботажников. И он был не так уж неправ — к тому времени число перебежчиков изрядно пополнилось. Например, перешел к белым полковник А. В. Станиславский.
Наконец 2 октября 1918 г. на заседании РВСР принимается решение: подчинить Оперод РВСР и переименовать его в Управление дел РВСР. Всю разведку и контрразведку сосредоточить в этом управлении, передав сюда материалы из бывшего ВВС, а также оперативного и статистического отделов Всероглавштаба. Во главе Управления дел решено поставить С. И. Аралова и его ближайших помощников по Опероду: Г. И. Теодори — начальником штаба Управления дел, а В. П. Павулана — заместителем Аралова. Однако и это решение так и не было претворено в жизнь.
14 октября вышел приказ РВСР N 94, пункт 3 которого гласил: «Руководство всеми органами военного контроля и агентурной разведкой сосредоточить в ведении Полевого штаба РВСР». Из ведения ВСО была изъята агентурная разведка и в отделе остались лишь региональные обрабатывающие отделения. Теперь на ВСО возлагались такие задачи:
«I. Изучение вооруженных сил иностранных государств.