Очередная реорганизация Региструпра, во многом вызванная изменившейся боевой обстановкой, произошла в начале лета 1919 г. 19 июня был утвержден новый штат Региструпра ПШ РВСР и впервые принято «Положение» о нем. Согласно «Положению», Региструпр представлял собой «центральный орган тайной агентурной разведки», подчинявшийся непосредственно РВСР минуя начальника ПШ РВСР. «Во главе Регистрационного Управления, — говорилось в „Положении“, — стоит член Революционного Военного Совета Республики, который вместе с тем является его начальником. Обязанности его в Москве несет его заместитель. Во главе отделов, как и входящих в их состав отделений, стоят исключительно партийные работники».
В результате данной реорганизации основными подразделениями Региструпра стали:
1-й отдел — сухопутный агентурный;
2-й — морской агентурный (входил в Региструпр с февраля 1919 по январь 1920 г.);
3-й — военно-цензурный (в составе Региструпра с декабря 1918 по октябрь 1919 г.);
Консультантство, где работали военные специалисты старой армии.
Сухопутный агентурный отдел состоял согласно «Положению» из четырех отделений:
— Северное охватывало скандинавские страны, Финляндию, Прибалтику, Мурманск и Архангельский район;
— Западное — Литву, Польшу, Галицию, Румынию, Германию и государства на территории бывшей Австро-Венгрии;
— Ближневосточное — балканские страны, Турцию, Кавказ, Туркестан, Афганистан и Индию;
— Дальневосточное — Сибирь, Китай, Японию.
По новому штату комсостав Региструпра выглядел так:
— заместитель начальника Управления — Валентин Петрович Павулан, для поручений при нем — Дмитрий Романович Ипполитов;
— начальник Агентурного (сухопутного) отдела — Н. М. Чихиржин (Назаров), для поручений при нем — В. К. Вальтер, места начальников всех четырех отделений были вакантны;
— Агентурный (морской) отдел или, как его еще называли, Морской разведывательный отдел, возглавлял А. А. Деливрон;
— Отдел военной цензуры — Я. А. Грейер;
— старшим консультантом Консультантства был В. Г. Зиверт;
— шифрами по-прежнему ведали В. А. Панин и П. Б. Озолин.
Что до начальников отделений 1-го отдела, то они были назначены лишь в июле-сентябре 1919 г. Ими стали соответственно В. X. Груздуп, Р. Я. Кальнин, Е. Л. Соколов, Г. П. Михайленко.
Сменился и руководитель Региструпра. В июне 1919 г. С. И. Аралов передал свои дела как военкома ПШ РВСР новому члену РВСР С. И. Гусеву, а в самом начале июля 1919 г. сдал ему и должность члена РВСР. Таким образом, новым куратором (в качестве военкома ПШ) и начальником Региструпра стал старый профессиональный революционер Сергей Иванович Гусев.