Наполеон написал гарнизону Яффы предложение сдаться, в котором было сказано, что он дает гарнизону время подумать и не станет обстреливать город до 19.00. Два французских парламентера взяли это послание и вошли в Яффу. А через некоторое время потрясенная французская армия увидела их головы торчащими на пиках над крепостной стеной.
Французы немедленно начали обстрел варваров. В этом бою Наполеон едва не был убит — пуля прошла над его головой, пробив шляпу, и попала в голову полковника, которому Наполеон в это время отдавал распоряжения. После боя Бонапарт сказал, что это второй случай в его жизни, когда небольшой рост спасает его от смерти.
Проломив осадной артиллерией брешь в стене, французы под пение «Марсельезы» ворвались в крепость и начали крошить всю эту немилосердную сволоту. Город был уже практически взят, когда выяснилось, что янычары-клятвопреступники засели в цитадели и грозились биться до последнего, если им опять не пообещают жизнь. На беду возле цитадели как раз оказался капитан Евгений Богарне — пасынок Наполеона (сын его жены Жозефины от первого брака). Он пообещал янычарам жизнь.
Наполеон был возмущен таким самоуправством:
— И что мне теперь с ними делать? Мне нечем их кормить, у меня нет кораблей, чтобы отправить их в Египет. А если их просто отпустить, как в первый раз, они опять возьмутся за оружие.
Богарне сослался на приказ Наполеона, который требовал от французских солдат не допускать резни.
— Я имел в виду стариков, женщин, детей и мирных жителей. А не тех, кто носит оружие! — воскликнул Наполеон.
Так у Наполеона возникла нравственная дилемма. Его офицер пообещал пленным клятвопреступникам жизнь. Пленным дали воды и сухарей, отняв их у французских солдат. Но что с ними делать дальше?
Три дня Наполеон мучился и колебался. А потом отдал приказ расстрелять преступников. Что и было сделано. Этот расстрел произвел сильное впечатление на благородных французов. Евгений Богарне был просто в шоке, а один из офицеров позже вспоминал: «Никому не пожелаю пережить то, что пережили мы, видевшие этот расстрел».
…К несчастью, чума помешала Наполеону завершить завоевание Сирии. Она начала беспощадно косить армию. Стараясь поддержать дух солдат, Наполеон заходил в чумные бараки, жал больным солдатам руки, но поделать с чумой ничего не смог.
Последняя крепость, которую он начал осаждать со своим поредевшим войском, был город Акр. Здесь находился мощный турецкий гарнизон, его снабжение осуществлялось по морю англичанами, а у Наполеона кончились снаряды для осадной артиллерии, над армией занесла руку бубонная чума, поэтому он снял осаду, рассчитывая, что серия поражений научила турок уму-разуму. И дал приказ возвращаться в Египет.