Синаххериб захватил в Иудее огромную добычу, но взять одну из самых мощных крепостей того времени, Иерусалим, ему так и не удалось. Это было вызвано не только эпидемией, вспыхнувшей в ассирийском войске, но и обстоятельствами, заставившими Синаххериба возвратиться в Вавилон. Там его противники решили избавиться от ассирийского господства и вновь подняли восстание. Негодованию Синаххериба не было предела. Он считал виновниками восстания вавилонскую знать и жречество, которые по каждому поводу сеяли смуту, желая ослабить влияние ассирийского государства на Вавилон и его области Синаххериб, и в свою очередь, старался ослабить значение Вавилона, свести на нет его роль, ибо историческая слава и привилегированное положение этого города мешали проведению в жизнь его планов. Тем более что союз Вавилона с Эламом при поддержке Египта часто угрожал безопасности ассирийского государства.
Синаххериб вел дальновидную политику. Планируя завоевание Египта, он ставил своей целью направить торговый путь на Восток, минуя Вавилонию, чтобы свести на нет ее роль как торгового центра почти всей Передней Азии.
Вавилоняне, естественно, оказывали сопротивление этим планам. И даже ставленник Синаххериба Белибни под влиянием своих соотечественников в конечном счете откололся от Ассирии и вступил в союз против нее с халдеями.
В 700 году Синаххериб нанес поражение союзу Вавилона и Халдеи и снова захватил Вавилон. Учитывая, что Белибни был лишь слепым орудием в руках вавилонской верхушки, он ограничился возвращением его обратно в Ниневию. На вавилонский престол Синаххериб поставил своего старшего сына, Ашшурнадиншума, а сам выступил против Мардук-апла-иддина.
Мардук-апла-иддин был одним из самых опасных врагов Ассирии. Вытесненный в 702 году из Вавилона, он отступил в свои наследственные владения, защищенные болотами, казавшимися непроходимыми, в халдейскую область Бит-Якин, на берегу Персидского залива. Однако и тут его настигли войска Синаххериба. Мардук-апла-иддин не решился оказать сопротивление. Погрузив на корабли небольшое количество воинов и захватив с собой статуи богов, он пересек Персидский залив и добрался до южного побережья Элама. Не имея флота, Синаххериб не пытался его преследовать и удовольствовался захватом в плен халдеев, оставшихся на берегу (в том числе брата и сыновей Мардук-апла-иддина).
Мардук-апла-иддин получил от эламского царя Халлудуша-Иншушинака II город Нагиту, «лежащий посреди моря», т. е. на одном из островков Персидского залива. Здесь он чувствовал себя в полной безопасности.