С 545 года правительству уже были нужны только средства на ведение военной кампании, поэтому о продолжении реформ не могло быть и речи. И последствия болезни императора, и смерть Феодоры были, как и возраст, пусть немаловажной, но лишь частью факторов, влиявших на падение активности императора (бессмысленно заниматься проблемами, которые невозможно решить).
В начале 50-х годов византийцам, с немалым напряжением сил, удалось все-таки добиться перелома в борьбе с остготами, чему способствовала гибель Тотилы. В 554 году была принята «Прагматическая санкция» об управлении Италией. Все бывшие имущества италийской знати и церкви были им возвращены, а бывшие рабы и колоны поставлены в прежнее положение. Высвободившиеся войска были использованы для войны с вестготскими королями Испании, где складывалась аналогичная североафриканской и италийской ситуация. При поддержке испано-римской знати под власть Византии перешла юго-восточная часть Испании.
Между тем Придунайские провинции продолжали опустошаться варварами. В конце 559 года болгары и славяне завоевали Фракию. Когда варвары подступили к стенам столицы, Юстиниан мобилизовал всех способных носить оружие, выставил к бойницам городское ополчение цирковых партий, дворцовую стражу и даже членов сената.
Командовать оборокой он поручил Велисарию. Для организации кавалерии Велисарий собирал лошадей из императорского ипподрома, из богоугодных заведений и даже брал их у зажиточных горожан. Император приказал готовить корабли для того, чтобы отправиться на Дунай и захватить у варваров переправу. Узнав об этом, болгары и славяне просили через посла позволить им уйти на свою сторону Дуная. Юстиниан послал к ним племянника и пощадил их.
Наконец, в 562 году был заключен мир с персами. Причем после двадцатилетней войны границы обеих империй остались практически без изменений. Таким образом, Римская империя все-таки возродилась. Заплаченная за это цена, правда, была огромна, и уже современники Юстиниана ясно сознавали, что она неоправданно велика.
Последние годы правления императора знаменовались обострением борьбы партий (которая в столице приняла характер кровопролитных столкновений), выступлениями низов и, наконец, заговорами против самого Юстиниана. Однако за ними не стояли хорошо организованные и решительные силы оппозиции; авторитет императора был еще достаточно велик. В ночь с 14 на 15 ноября 565 года в возрасте 83 лет, после 38 лет правления, Юстиниан умер. К концу своей жизни он увлекся теологией и все меньше и меньше обращался к делам государства, предпочитая проводить время во дворце в спорах с иерархами церкви или даже невежественными простыми монахами. Летом 565 года он разослал для обсуждения по епархиям догмат о нетленности тела Христова, но результатов его уже не дождался…