Действия наземных сил поддерживала словацкая авиация. ВВС Словакии были сформированы на базе чехословацкой авиации и включали в себя 358 боевых самолетов. Почти вся боевая авиация, за исключением подразделений, переброшенных в Словакию в сентябре 1938 года во время всеобщей мобилизации, входила в 3–й авиаполк имени генерала Штефаника. В его состав входило 4 боевых подразделения (по численности соответствующие полкам) и одно запасное. Первые включали в себя 12 леток (эскадрилий), а последнее — различные учебные и технические подразделения. Основной авиабазой были Пештяны. Боевые столкновения в воздухе с польскими ВВС были незначительными.
Так, словацкий ас Ф. Хановек сбил в воздушном бою 6 сентября польский самолет—разведчик. 9 сентября словацкая авиация понесла первые потери. Во время посадки на полевом аэродроме Ишла разбился самолет летчика Яловиара. К 9 сентября 37–я и 45–я летки перебазировались на аэродром Каменица, откуда совершали вылеты на сопровождение германских пикировщиков «Ju–87», бомбивших польскую железнодорожную сеть в районе Львова. Всего было выполнено 8 таких заданий. 9 сентября при возвращении после налета на Дрогобыч и Стрый самолет В. Груня был поврежден польской зенитной артиллерией и совершил вынужденную посадку в расположении противника. Летчик попал в плен, откуда ему вскоре удалось бежать, а машина была уничтожена польской пехотой. Самолеты 16–й летки за период боев без потерь совершили 7 разведывательных полетов. Одна из машин из состава учебной летки до 25 сентября выполнял курьерские полеты в интересах армии.
В ходе боевых действий имели место обстрелы словацких самолетов ПВО вермахта, и поэтому опознавательные знаки были модернизированы: на борта и плоскости нанесли германские черные кресты, а синие круги обвели белой каймой. По мере ухудшения положения на фронтах поляки начали эвакуировать остатки своей авиации в соседние страны. С 17 по 26 сентября несколько самолетов прошли над Словакией и добрались до Венгрии. 26 сентября все тот же словацкий летчик В. Грунь атаковал летевший в южном направлении учебно—тренировочный «RWD–8» и заявил о его сбитии. Посланная на поиски остатков воинская команда их не нашла. Возможно, польский летчик, не желая искушать судьбу, совершил посадку, а после того, как словацкий истребитель ушел, вновь взлетел. Это, пожалуй, был последний боевой эпизод в небе Словакии в сентябре 1939 года. Словацкой армии в ходе боевых действий удалось захватить небольшие авиационные трофеи: 10 польских планеров. Стоит отметить, что польские ВВС, в соответствии с приказом своего командования, не наносили ударов по территории Словакии, ограничившись воздушной разведкой в первые дни войны, особое внимание уделив аэродрому в Спишска Нова Вес, на котором, кроме словацких самолетов, расположились немецкие ВВС.