Усугубляя все более неотвратимо приближающийся конец Колчака, стали массами покидать истекавший кровью под натиском красных Восточный фронт, захватив Транссибирскую магистраль, забив эшелоны награбленным русским добром (в частности — золотом Государственного банка), бросив тысячи бойцов Белой армии и русских беженцев на верную гибель от жестоких сибирских морозов и рук красных убийц, предав и выдав на расправу эсеровскому Иркутскому комитету Верховного Правителя России адмирала Колчака и совершив еще немало преступлений против доверившихся им русских людей.
После свержения советской власти в Поволжье в результате всенародного восстания, поддержанного частями Чехословацкого корпуса, поднявшими оружие против Советов после попытки большевиков, по указке своих германских «спонсоров» (или, говоря по-русски, «доброхотных дарителей» — кому как больше нравится!), разоружить известных своей непоколебимой преданностью Антанте «братьев-чехословаков», Каппель вступил в сформированной антикоммунистическими повстанцами Народной армии правительства Комуча (Комитета членов Учредительного собрания), совершив головокружительное восхождение по ступенькам военной карьеры, от командира 1-й Добровольческой Самарской дружины до звания Командующего действующими войсками всей армии Комуча.
Сформированное в Поволжье правительство Комуча, рассматривавшее себя в качестве законного правопреемника всероссийского Учредительного собрания, разогнанного в начале 1918 года большевицкими штыками (в историю вошли печально знаменитые слова командовавшего разгоном «матроса-большевика-партизана» Железняка: «Караул устал! Все расходитесь по домам!» и последовавший на следующий день после разгона Учредительного собрания, презрительно именовавшегося большевиками «Учредилкой», расстрел «ландскнехтами революции» мирной демонстрации в защиту «Учредилки» в Петрограде; в действительности «матрос Железняк» был не большевиком, а «анархистом-коммунистом», но сути дела это не меняло).
По своему составу пришедшее в июне 1918 года к власти Поволжья с помощью чехословацких легионеров правительство Комуча было эсеро-меньшевицким и потому особых симпатий у беспартийного монархиста Каппеля не вызывало. И взаимопонимания с руководством Комуча у Каппеля не было. В правительстве Комуча сидели эсеры, а для русского офицера-монархиста разница между эсером и большевиком была невелика (в дальнейшем правильность подобных взглядов была доказана трагической судьбой Верховного правителя России адмирала Колчака, преданного и убитого как раз эсерами). Тем не менее, Каппель, считая большевиков злом, несравненно и неизмеримо большим для России, служил Комучу честно и не раз отличался в боях с частями Красной армии в Поволжье.