В области управления автономными некоммерческими организациями Закон содержит минимум обязательных предписаний (говоря лишь о коллегиальном высшем органе управления) и, тем самым, предоставляет учредителям максимальную свободу выбора. Очевидно, что любая схема управления, избранная учредителями и не оперирующая понятием членства, будет удовлетворять нормам Закона.
Существенно важно, что учредители автономной некоммерческой организации могут пользоваться ее услугами только на равных условиях с другими лицами (п. 4 ст. 10 Закона РФ «О некоммерческих организациях»). Эта норма способна несколько умерить «эгоизм» учредителей организации, пусть и ценой снижения привлекательности для них этой организационно-правовой формы.
Учредительным документом такой организации является ее устав, хотя Закон не запрещает участникам заключить еще и учредительный договор.
Так же, как и некоммерческое партнерство, автономная некоммерческая организация вправе преобразоваться в общественную или религиозную организацию (объединение), либо в фонд. Однако преобразоваться собственно в некоммерческое партнерство нельзя, что выглядит вполне логичным: невозможно установить членские отношения в структуре, где круг участников формально не определен и документально не зафиксирован.
Объединения юридических лиц. Некоммерческая организация, образованная несколькими юридическими лицами для ведения деятельности в их интересах, называется объединением юридических лиц (ассоциацией или союзом). Участниками такого объединения не могут выступать граждане или государство. Из содержания ст. 121 ГК вытекает, что объединяться в ассоциацию или союз могут либо коммерческие, либо некоммерческие организации, но не те и другие вместе. Это положение представляется вполне оправданным, поскольку слишком различны их цели деятельности в сфере хозяйствования. Если же коммерческие и некоммерческие организации хотят объединиться для достижения целей, которые действительно могут быть общими для них (общесоциальные, политические), то им придется избрать организационно-правовую форму общественного объединения того или иного вида, некоммерческого партнерства или автономной некоммерческой организации.
Запрет на ведение предпринимательской деятельности (в качестве основной цели), установленный для объединений юридических лиц, предполагает, что необходимая имущественная база будет сформирована объединяющимися участниками. В ГК отсутствуют специальные нормы, посвященные образованию имущества объединений, поскольку в них главную роль играет элемент личного участия (как ни парадоксально это звучит применительно к юридическим лицам). Этот вывод основывается и на том, что вступление в ассоциацию нового участника обусловлено согласием других членов (п. 3 ст. 123 ГК). Кроме того, в случаях, предусмотренных учредительными документами, участник может быть исключен из ассоциации.