1106–1111 гг. Род Биллунгов прекращается. Графы Шауэнбургские получают в ленное владение земли Штормарн и Гольштейн, включая город Гамбург.
1188 год. После того, как при графе Адольфе II Шауэнбургском началась колонизация Северной и Восточной Германии, его сын Адольф III основывает в Гамбурге графский Новый город с купеческим кварталом на правом берегу реки Альстер – прямо напротив архиепископского Старого города.
7 мая 1189 года. Император Фридрих Барбаросса даёт Адольфу III устное согласие предоставить Гамбургу ряд важных привилегий: собственное судопроизводство, освобождение от таможенных пошлин и право на рыболовство в низовьях Эльбы вплоть до места её впадения в Северное море. Эти привилегии и приток купцов из разрушенного в том же году Бардовика помогают молодому торговому городу взять хороший старт. Правда, сама так называемая «Охранная грамота» Барбароссы, бумага с императорской печатью, впоследствии оказалась фальшивкой – что не мешает жителям Гамбурга каждый год 7 мая отмечать день рождения своего порта.
1201–1225 гг. В Гамбурге правят датчане.
1223 год. Архиепископство переносится в Бремен, в Гамбурге остаётся соборный капитул.
Середина XIII века. Графы Шауэнбургские получают от архиепископа статус суверенных правителей Гамбурга. Имея немалую выгоду от деятельности купеческого сословия, они устанавливают для него налоговое право и право самоуправления.
Эти дома на Дайхштрассе в 1842 году уцелели при «Большом пожаре».
1241 год. Гамбург и Любек договариваются о создании оборонительного союза.
1276 год. Для охраны устья Эльбы Гамбург получает во владение остров Нойверк, где в 1301–1310 гг. строит оборонительную и сторожевую башню.
1321 год. Гамбург вступает в Ганзейский союз.
1400 год. Гамбургский флот захватывает шайку «виталийских братьев» у острова Гельголанд. Этих пиратов вместе с их предводителем, Клаусом Штёртебекером, казнят на острове Грасбрук, принадлежащем Гамбургу.
XV век. Горожане борются за расширение права голоса в управлении. Совет и парламент договариваются о так называемых «уступках», которые на деле скорее проигрышны для горожан.
1459 год. Дания становится правопреемницей Шауэнбургов, но напрасно ожидает от Гамбурга повиновения.
1510 год. Гамбург возведён в ранг имперского города Германии. Дания не признаёт этого статуса.
1529 год. Гамбург примыкает к движению Реформации.
1588 год. В Гамбурге открывается первая в Германии биржа.
XVI–XVII вв. Соседний с Гамбургом небольшой городок Альтона принимает к себе религиозных беженцев, в том числе из Гамбурга, в результате чего в период датского господства (с 1640 года) он становится вторым по величине городом Дании.