Покончив с Антильскими островами, Гумбольдт и Бонплан хотели отправиться в Мексику, но известие об отплытии капитана Бодэна в Южную Америку, впоследствии оказавшееся ложным, заставило их изменить план. Гумбольдт еще во Франции условился соединиться с Бодэном, если экспедиция состоится, и потому, получив известие, решил немедленно отправиться в Перу.
Друзья переправились в Бразилию, поднялись в лодке к верховьям реки Магдалены, а отсюда добрались до главного города Новой Гранады, Санта-Фе-де-Богота. Тут встретили их весьма торжественно. Архиепископ выслал путешественникам свои экипажи, знатнейшие лица города выехали к ним навстречу, – словом, их прибытие в столицу Новой Гранады было почти триумфальным шествием. Конечно, тут оказала влияние необычайная любезность испанского правительства, оказанная Гумбольдту.
Посвятив довольно долгое время изучению плато Санта-Фе, путешественники отправились в Кито через проход Квиндиу в Кордильерах. Это был опасный и утомительный переход: пешком, по узким ущельям, под проливным дождем, без обуви, которая быстро износилась и развалилась. Приходилось, промокнув до нитки, ночевать под открытым небом, брести, утопая в грязи, карабкаться по узким тропинкам… Как бы то ни было, переход совершился благополучно, и в январе 1802 года путешественники достигли города Кито.
В благодатном климате Перу были забыты все невзгоды путешествия. Около года Гумбольдт и Бонплан оставались в этой части Америки, изучая со всевозможных точек зрения ее богатую природу. Гумбольдт поднимался, между прочим, на вулканы Пичиччу, Котопахи, Антизану и другие и на высочайшую в свете, как тогда считалось, вершину Чимборасо. Впоследствии оказалось, что даже в Америке – не говоря уже о Старом Свете – есть более высокие горы; но в то время этого не знали, и самолюбию Гумбольдта льстило сознание, что он первый взобрался на высочайшую точку земного шара.
Из Южной Америки они отправились в Мексику, где намеревались пробыть лишь несколько месяцев, а затем вернуться в Европу. Но богатства природы в этой стране, также весьма малоисследованной в, научном отношении, задержало их гораздо долее, чем они рассчитывали. Гумбольдт определил географическое положение различных пунктов, научал деятельность вулканов – между прочим знаменитого Иорульо, образовавшегося в 1755 году, – произвел массу барометрических измерений, подавших ему мысль изображать орографию местности в виде профилей, представляющих вертикальное сечение страны в известном направлении, исследовал пирамиды и храмы древних обитателей Мексики – ацтеков и тольтеков, изучал историю и политическое состояние страны, и прочее, и прочее.