Из рук мистера Уэкфильда молодой Мальтус перешел в иезуитскую коллегию в Кембридже. Сказавшееся в этом шаге решение избрать духовную профессию биографы Мальтуса объясняют отчасти влиянием Уэкфильда, окончившего свое образование именно в этом заведении и устроившего в нем своего воспитанника, отчасти желанием самого юноши приобрести обеспеченное материальное положение, в котором Мальтус нуждался, потому что как младший сын он не наследовал в имуществе отца, перешедшем сполна его брату. Надо думать, что его решение сформировалось не без влияния и хорошей постановки преподавания в иезуитской коллегии. Поступив туда в 1785 году, Мальтус с жаром принимается за занятия. Подобно своему отцу, совершенно равнодушный к наградам и одобрениям учителей, он руководится только своею неутомимою жаждою занятия и своим особенным пристрастием в то время к языкам, к истории и к изящной, литературе; не ища их, он удостаивается, однако, наград за декламацию, за латинский и греческий языки. Но всего ярче обнаружились в коллегии математические способности Мальтуса, как об этом свидетельствует один из его преподавателей, Френд, автор политического трактата «Мир и союз».
Сдавая окончательные экзамены в коллегии, Мальтус предполагал предаться затем в течение двух-трех лет научным занятиям по им самим составленному плану. Он пишет об этом отцу, а тот, боясь увидеть в сыне свою собственную слабость к чересчур отвлеченным умозрениям, предостерегает его от увлечения математикой и абстрактными знаниями; он советует Роберту заняться прикладными науками, чтобы сделаться землемером, механиком или мореплавателем. Тот возражает на это, что прикладные науки от него не уйдут, а что в ближайшие два года он желал бы с позволения отца заняться «основными принципами»; впоследствии же он обещает быть скромным натуралистом и ознакомиться с «приложениями». Все его письмо проникнуто глубокой почтительностью к отцу, с которым вообще у него были прекрасные отношения, несмотря на приключавшиеся время от времени стычки по отдельным вопросам. Отец в эту пору описывает нам Роберта как приятного собеседника, человека симпатичного, великодушного и веселого. Возвращаясь на каникулы домой, он делался там любимцем всех окружающих и вносил утешение и радость в отшельническую жизнь старика Мальтуса.
После восьми-девятилетних вместо двухлетних, как он предполагал сначала, усиленных занятий, главным образом, гуманитарными науками и общественными вопросами, в 1797 году Мальтус получает степень магистра. В том же году он делается адъюнкт-профессором в коллегии, а затем занимает место священника около Альбёри. К этому времени относится и начало его литературной деятельности. Первым сочинением Мальтуса был политический трактат под названием «Кризис», заключавший в себе резкую критику действий стоявшего тогда у власти Питта; однако, по совету отца, памфлет этот остался в авторском портфеле. Здесь мы находим уже зачатки будущего учения о народонаселении или, вернее, зарождение основных положений «Опыта о народонаселении», решительный толчок к созданию которого дали сочинения Годвина и споры, возбужденные ими между отцом и сыном.