В Вене „Дон Жуан“ был поставлен в первый раз только год спустя и не имел никакого успеха. Моцарт настолько знал вкусы венцев, что и не ожидал никакого успеха. Он говорил: „Дон Жуан“ написан не для Вены, а для Праги, еще больше для меня самого и для моих друзей». Теперь к этим друзьям мог бы быть причислен уже весь музыкальный мир. В оправдание венцев можно сказать только то, что в течение первого года «Дон Жуан» давался неоднократно и с каждым разом успех его возрастал. Вскоре после «Дон Жуана», считающегося лучшей оперой Моцарта, он написал «Cosi fan tutte» по заказу императора и на слова да Понте. Опера имела успех, но по достоинствам она уступает своим предшественницам и продержалась на сцене очень недолго.
«Волшебная Флейта» обязана своим возникновением следующему случаю: в Вене жил один антрепренер Шиканедер, незаслуженно пользовавшийся дружбою Моцарта, что, к сожалению, случалось довольно часто. Антрепренер этот прогорел, и ему приходилось плохо. Он обратился за помощью к Моцарту, прося написать ему оперу с чудесными превращениями, чтобы заинтересовать публику и привлечь толпу в театр. Текст составил сам Шиканедер, и Моцарт, увлеченный великодушием, а также фантастическим сюжетом, написал музыку безвозмездно, прося только вернуть ему партитуру, которая могла бы послужить ему источником большого дохода. Шиканедер благодаря «Волшебной Флейте» поправил свои дела и не только ничего не заплатил автору за его труды, но без его ведома перепродал партитуру. Моцарт назвал его подлецом, но на другой же день позвал его к себе обедать. «Волшебная Флейта» была дана в первый раз 30 сентября 1791 года. Вопреки ожиданиям успех ее в первом действии был небольшой. Моцарт, бледный и взволнованный, побежал на сцену к Шиканедеру, который всячески старался его успокоить. С каждым актом успех оперы возрастал, и под конец публика стала усиленно вызывать автора. Но Моцарт, оскорбленный холодным приемом вначале, спрятался в самый дальний угол сцены; его насилу разыскали и с трудом убедили выйти к публике. Некто Шнек, сидевший во время первого представления в оркестре, пришел в такой восторг, что со своего стула дополз до дирижерского места, схватил руку Моцарта и поцеловал ее. Моцарт ласково поглядел на него и, продолжая дирижировать правой рукой, левой погладил его по щеке. Вскоре «Волшебная Флейта» облетела всю Германию и стала одной из любимейших опер. Небывалый успех ее вызвал массу подражаний, и повсюду стали давать: «Волшебное кольцо», «Волшебную стрелу», «Волшебное зеркало» и т. д. Все эти оперы, однако, доказали авторам и публике, что одного волшебного названия мало для верного успеха. В продолжение одного октября «Волшебная Флейта» давалась двадцать четыре раза; в ноябре 1792 года, то есть через год, объявлено было сотое представление, а в 1795 году – двухсотое! К сожалению, ее гениальный автор был тогда уже давно в могиле!