В 1849 году Джон Браун познакомился с известным аболиционистом Герритом Смитом, владельцем громадных земель в лесах Адирондака. Публикациями в газетах последний приглашал негров брать у него бесплатно участки земли и устраивать фермы. Браун обратился к нему с таким предложением: “Я вырос в лесах и знаком с устройством новых поселений. Я заведу ферму между вашими новыми поселенцами и научу их, как расчищать и возделывать новую землю. Я буду, насколько могу, давать им работу и всячески заботиться о них, как отец”. Смит принял это предложение и предоставил своему новому другу на льготных условиях участок земли, где Джон Браун вскоре поселился со своею семьей и опять начал знакомую ему с юности многотрудную жизнь пионера. Поселившись в этом месте, Джон Браун преследовал троякую цель. Кроме желания помочь несчастным неграм, он надеялся между ними найти и подготовить волонтеров для своей будущей виргинской экспедиции, что было очень удобно в таком уединенном месте; и в то же время он хотел обеспечить угол и убежище своей семье, когда ему придется покинуть ее. Последнее желание его осуществилось, и в конце концов он сам был погребен в этой живописной долине, окруженной горами, где он провел несколько лет своей труженической жизни. Как только прошел закон, допускавший невольничество в свободном Канзасе, сыновья Джона Брауна переселились туда из Огайо; их пленяла свободная, полная тревог и приключений жизнь в новой стране. Скоро начались и те волнения в Канзасе, о которых сказано, и Джон Браун присоединился к своим сыновьям. По всем почти свободным штатам устроились так называемые канзасские комитеты для сбора денег, поддержки эмиграции и вооружения колонистов. Все внимание страны было обращено на отдаленную территорию, даже образовался национальный комитет для помощи свободным канзасцам, в котором состояли Линкольн, Смит, Сюард и другие выдающиеся представители аболиционистской партии.
Джон Браун сделался вождем в борьбе с рабовладельцами и встал во главе отряда из местных волонтеров, в котором участвовали и его сыновья, для защиты свободных колонистов от шаек миссурийских разбойников. Хотя война в Канзасе и не входила в его план, но он воспользовался этим случайным событием как ближайшею подготовкою и началом организации более серьезного замышляемого им дела. С обычной своей энергией и увлечением, не щадя ни самого себя, ни своих близких, бросился он на этот бой с рабством, и только благодаря ему свободным колонистам Канзаса удалось восторжествовать над своими врагами. Победа эта имела и общегосударственное значение. Вот что говорил “Чарлстонский Меркурий” (влиятельная южная газета) в начале войны: “Все партии согласны в одном, что эта канзасская война является поворотным пунктом в дальнейшей судьбе невольничества и аболиционизма. Если восторжествует Юг, то аболиционизм будет разбит и окончательно обессилен. Если же он будет побежден, то аболиционизм усилится, будет становиться все более и более дерзок в своих требованиях, пока все это не завершится гибелью Юга”.