Из выдающихся схваток этой партизанской войны было сражение при Зсаватоми, маленьком городке близ Миссури, где Джон Браун с тридцатью волонтерами разбил и обратил в бегство миссурийскую банду более чем в триста человек. В этой схватке был убит один из его сыновей, а другой, взятый в плен, сошел с ума.
Междоусобная борьба в Канзасе продолжалась с перерывами с 1856 по 1858 год, имя Джона Брауна сделалось известным по всему Союзу. Но крайние взгляды его относительно борьбы с невольничеством не встретили поддержки среди колонистов Канзаса, которые не расположены были идти далее защиты своих поселков от набегов рабовладельческих шаек и вовсе не сочувствовали наступательной войне, которую Джон Браун хотел перенести в самый Миссури. По его мнению, подтвердившемуся вскоре после того, “мирная эмансипация была невозможна: дело зашло слишком далеко”. Его обращения к разным комитетам за дальнейшим содействием, чтобы организовать отряд для действий в Миссури, и неоднократно к самому обществу через газеты также не имели успеха, потому что и большинство аболиционистов не разделяло тогда его крайних взглядов. Оставленный без помощи, он с небольшой бандой сочувствующих его идеям товарищей, при самых жалких средствах, в конце 1858 года перешел в Миссури и освободил невольников с разных плантаций. Все это окончательно возбудило против него и местных жителей Канзаса и административные власти, которые видели в его действиях прямое нарушение законов и спокойствия страны. В конце концов, потеряв двух сыновей и все имущество, ему пришлось скрываться как предводителю разбойничьей шайки и бежать из той самой страны, которую он спас от ужасов рабства.
Нам остается коснуться самого последнего и главного эпизода из жизни Джона Брауна, так называемой “виргинской кампании”, завершившейся его смертью.
В горном ущелье, на границе штатов Мерилэнд и Виргиния, стоял городок Харперс-Ферри, почти разрушенный во время междоусобной войны армиями Севера и Юга, состязавшимися из-за этого стратегического пункта. В городке, недалеко от берега реки, находилось здание союзного арсенала, где хранилась масса всякого оружия. В этой местности, вблизи столицы Америки, полной исторических воспоминаний и представляющей собою как бы Фермопилы старого невольничьего гнезда Виргинии, Джон Браун задумал начать свое отчаянное предприятие, с общим планом которого мы уже познакомились ранее.
Днем нападения на Харперс-Ферри и арсенал было назначено 17 октября 1852 года. К 30 июня он со своими товарищами уже был в окрестностях городка, причем для склада оружия и временного помещения была нанята небольшая ферма, находившаяся поблизости. Большая часть его товарищей скрывалась в окрестностях и по ночам появлялась в нанятом доме. Весь отряд Джона Брауна, с которым он задумал пошатнуть власть всемогущих плантаторов, состоял из 23 человек, включая его самого, трех сыновей и двух зятьев; в их числе находились и шесть негров. Все это были люди необычайной энергии, безграничного мужества и самого высокого нравственного идеала; они добровольно пошли на это отчаянное предприятие с твердой решимостью умереть за правое дело, которому они служили с безграничной верою в своего вождя.