Убийство старого служаки оказало тяжелое впечатление на всю армию, и число недовольных стало так велико, что царь, опасаясь принимать крутые меры, принужден был в видах безопасности выделить их в отдельный отряд. Гвардия же была разбита на две части, и командование ими вручено лучшим царским друзьям, Гефестиону и Клиту.
Всю осень и зиму 330 года до н. э. Александр провел в покорении Гедрозии (Белуджистана), Арахозии (Афганистана) и Паропамизады. Основав в Арии, Арахозии и Паропамизаде три города его имени, нынешние Герат, Кандагар и Кабул (?), он в феврале 329 года до н.э., среди снега, льда и бесчисленных пропастей, по высотам в 13 тысяч футов перешел исполинский Гинду-Куш – предприятие, с которым может соперничать лишь Ганнибалово столетием позже. Он находился теперь в Бактрии и, подчинив ее в два месяца, перешел через Окс (Амударью) в Согдиану, где находился тогда Бесс. Птолемей был послан вперед с легкой кавалерией и быстрым маршем настиг сатрапа. Бактриец был закован в цепи и в этом унизительном виде поставлен у дороги, вдоль которой должен был проследовать Александр. Поравнявшись с ним, последний сурово спросил его, как он смел убить своего повелителя, и, получив уклончивый ответ, велел наказать его прутьями и обрезать ему нос и уши. Говорят, что Бесс подвергся мучительной казни: он был привязан за ноги к двум сдвинутым вершинам деревьев и разорван по выпрямлению их на части. Верно ли это или нет, мы не знаем; но несомненно все обращение с Бессом отзывается варварством, чуждым греческому духу.
Столь же варварски Александр поступил при взятии в следующем году небольшого города в Согдиане, населенного бранхидами. То были потомки малоазийских греков из-под Милета, которые, заведуя известным в свое время храмом Аполлона, сдали всю его сокровищницу Ксерксу. Этим они навлекли на себя ненависть всего эллинского мира и, спасаясь от преследований соплеменников, всем селением удалились в глубь Азии, где персидский монарх дал им небольшие земли в Согдиане. С течением времени они “оварварились” и теперь, при приближении греко-македонских войск, вышли им навстречу со знаками покорности. Но Александр, в желании быть больше греком, нежели греки сами, решил жестоко наказать их за измену их предков 150 лет тому назад. Призвав солдат, вышедших из Милета, он предоставил им определить казнь, какой подлежат преступные бранхиды; но, не получив ответа, он определил ее сам. Беззащитный город был окружен войсками, и все население, мирное и не сопротивлявшееся, было вырезано до единого. Священные рощи, окружавшие селение, были вырублены, стены сравнены с землею и цветущая дотоле местность превращена в голую пустыню.