Уже со времени своего назначения комендантом Шлиссельбурга Меншиков получает возможность действовать более самостоятельно. Петр, дотоле неразлучный со своим любимцем, уезжает в Москву, и последний, оставшись один на театре военных действий, с честью исполняет возложенные на него обязанности. На берегах Невы он отбивается от шведов, ездит в Олонецк, где занимается приготовлениями к постройке флота, необходимого для отнятия у шведов устья Невы. А у губернатора Петербурга еще больше дела. Устройство нового города и защита только что покоренного края, на который шведы в продолжение нескольких лет делали беспрерывные нападения, требуют неутомимой деятельности. Благодаря энергии и распорядительности Меншикова новый городок, заложенный на пустынных устьях Невы, начинает быстро обстраиваться; появляется ряд домов для царя и его вельмож на Васильевском острове, и уже в ноябре того же года к нему пристает первый иностранный корабль. В июле Меншиков поехал на Свирь, где нашел леса, пригодные для постройки кораблей, и при Лодейном поле заложил верфь, известную впоследствии под названием Олонецкой; здесь строились военные суда, предназначавшиеся в Финский залив. Ему же предоставлено было построение Кроншлота и Кронштадта, который должен был служить местопребыванием создаваемого военного флота.
Первые успехи Меншикова на военном и административном поприщах являются, как мы уже сказали, началом нового фазиса в его жизни. “Известный Алексашка”, сделавшись губернатором Меншиковым, выходит окончательно на страницы истории. Его природные способности, до сих пор проявлявшиеся лишь на мелочах, находят себе, наконец, достойное применение и начинают быстро развиваться. По отношению к Петербургу можно смело сказать, что новая столица России обязана своим созданием столько же творческой мысли государя, сколько энергии, распорядительности и умению своего первого губернатора.
И в отношениях Петра к его любимцу замечается новый оттенок. Блестящие результаты, полученные благодаря деятельности Меншикова в новом крае, окончательно убеждают царя, что он не ошибся в своем выборе. Денщик Меншиков недаром прошел военную школу в потешных ротах, недаром брал уроки кораблестроительства у саардамских плотников. “Дитя сердца” начинает оправдывать возлагавшиеся на него надежды и мало-помалу становится настоящим сотрудником царя-преобразователя. Любопытно, что эта постепенная перемена в отношениях Петра к любимцу сказывается и в его обращении к последнему в письмах. Свои повеления главным сподвижникам Петр надписывал обыкновенно собственноручно – по-голландски или по-немецки: Min Her Kenih, – писал он князю Ромодановскому; Борису Петровичу Шереметеву он обыкновенно писал: Min Her General-Feldmarscal, другим просто Min Her. Обращение же к Меншикову не только лишено всякой официальности, но и отличается любопытным разнообразием и последовательностью в эпитетах. До 1703 года он называет его “Мейн Герц” и “Мейн Герценкинт”, в 1704 году мы встречаем в письмах царя эпитеты “Мейн либсте Камарат”, “Мейн либсте Фрейнт”, а потом постоянно до конца 1706 года “Min Bruder”