Уже через считанные секунды после того, как газ начал действовать, снайперы точными выстрелами в голову уничтожили женщин-смертниц, после чего бойцы в противогазах перешли к уничтожению других бандитов, находившихся в зрительном зале. Один из них был вооружен пулеметом Калашникова, но воспользоваться им не успел, сделав лишь одну неприцельную очередь. «Я толком не понял, что произошло. Штурм начался, когда мы спали в креслах. Раздались выстрелы, взрывы, а потом резко перехватило горло, — вспоминает заложник Сергей Новиков. — Они (террористы) предупреждали, что, если при стрельбе мы попытаемся укрыться, они взорвут бомбы. Поэтому под кресла никто не лег. Все просто пригнулись и закрыли головы руками. Потом стало нечем дышать. Я не мог и двигаться. Меня словно парализовало. Подумал — все, конец. Потом, не знаю сколько прошло времени, сознание вернулось. Какой-то парень в темной форме нес меня на плече. Запомнил, что в другой руке у него длинная винтовка, наверное, он был снайпером». Газ, использовавшийся спецназом, как рассказывали позже участники штурма, вызывает паралич при первом же вдохе. Концентрацию давали в принципе не опасную для жизни, но «помещение замкнутое, люди за три дня плена физически и морально измотаны, так что за последствия никто не ручался. Но раз команду дали, ее надо выполнять».
Лишь несколько боевиков, которых почему-то не вырубил газ, попытались оказать сопротивление. Но под воздействием газа, рассказывают штурмовики, они в основном попадали в заложников, находившихся вокруг. С террористами в зале было покончено в течение пяти-десяти минут. Женщин-шахидок, которые так и остались сидеть в креслах, добили выстрелами в затылок. «Добивали всех, на ком была взрывчатка, — рассказывает альфовец, — потому что люди еще могут отойти или, наоборот, у них начнутся конвульсии. В общем, чтобы случайно никто не нажал на кнопку, делали контрольные». Параллельно часть спецназовцев разбиралась с террористами в подсобных помещениях второго этажа, используя шумовые и световые гранаты. Большинство бандитов при этом пребывали уже в бессознательном состоянии, поскольку газ подействовал в первую очередь на тех, кто находился в верхней части здания. Одновременно третья группа ворвалась в ДК через проделанное при помощи взрыва отверстие в задней стене, через окна и двери. Террористы, располагавшиеся в фойе, в том числе Мовсар Бараев, хоть и были в затуманенном состояние, но, по словам оперативников, успели все же открыть по спецназу огонь из автоматов и даже сделали два выстрела из гранатомета. В результате один из штурмующих был контужен, а второй — получил ранение в руку. Тут же к зданию двинулось несколько бэтээров внутренних войск. «Пулеметы были заряжены, и нам дали команду стрелять по окнам здания, если в них появятся вооруженные люди, — говорили потом стрелки, — но огневая поддержка спецназу не понадобилась. Он справился сам». Последняя группа первой вступила в бой. Именно она уничтожила Мовсара Бараева — единственного из террористов, который с начала захвата был без маски. Кто-то из спецназа потом уже вложил лежащему на полу боевику в руку бутылку коньяка «Хеннесси». Возможно, таким образом они хотели показать «истинное» лицо борца за веру. Но трюк не удался — бутылка была пыльной, не распечатанной, да и ваххабит Бараев, как рассказывают знавшие его семью люди, предпочитал наркотики. Главные силы террористов были уничтожены на их боевых позициях: в коридорах, на лестницах и в подсобных помещениях. Основной бой разгорелся в подсобке клубного буфета. Всех пытавшихся оказать сопротивление боевиков спецназовцы вначале забрасывали шумовыми и световыми гранатами, а потом расстреливали.