Победа клана Гэндзи (Минамото) и его сторонников просто окончательно узаконила процесс, который шел уже в течение многих лет: центральное правительство постепенно теряло контроль над страной. Чтобы стимулировать экспансию на север и восток, сопровождавшуюся вытеснением айну, и увеличить производство зерна, власти обещали завоевателям освобождение колонизованных земель от налогов. Да и на уже давно обжитых землях они также шли на уступки. Тем временем кланы землевладельцев, удаленные от столицы, все меньше горели желанием платить правительству Киото налоги на содержание живущих в праздности ленивых аристократов, даже если некоторые из них и приходились им кровными родственниками. Кроме того, центральные власти уже не имели достаточно войск, чтобы поддерживать порядок в провинциях и собирать там налоги. Они все больше зависели от воинов местных кланов. Так продолжалось в течение двух столетий или около того: контроль за армией и местными ресурсами утекал из рук правительства в провинцию. Триумф клана Гэндзи и его союзников лишь подтвердил данное положение вещей и ускорил процесс перехода власти.
Признание этой военно-политической ситуации нашло отражение в новой форме государственного устройства император назначил Ёритомо сёгуном. С данным назначением начался этап удивительных взаимоотношений между троном и сёгунатом, которые оставались одной из основных черт политической системы страны на протяжении почти семи столетий.
Когда одна сторона набиралась могущества и влияния, другая временно отступала, хотя в целом доминировал всегда сёгунат, за исключением немногочисленных и спорадических попыток отдельных императоров вернуть себе политическую власть. Случались за долгие века этого странного спектакля и такие периоды, когда и император, и сёгун бессильной хваткой цеплялись друг за друга, а реально страной управляли регенты какого-нибудь военного клана, что еще больше запутывало политическую обстановку.
И все-таки каждый участник представления нуждался в другом. Как мы помним, символической силой, связывавшей японские кланы в единую нацию, был миф о том, что японцы — народ божественного происхождения, а управляет ими уполномоченный на то богами император. Крушение мифа об императорском царствовании поставило бы под угрозу надежду на окончательное политическое объединение страны и подвергло бы сомнению легитимность веками освященных институтов власти. Поэтому сёгуны искали императорского благословения на пост «полководца» для того, чтобы подтвердить обоснованность своих претензий на поддержание хотя бы видимости порядка, а бесправные в политическом отношении императоры вынуждены были волей-неволей даровать подобные благословения.