Способность таинственного графа предсказывать события, его познания о ядах и противоядиях привлекли к нему пристальное внимание фаворитки короля маркизы де Помпадур. Решив, что столь знающий человек будет ей крайне полезен, маркиза решила его «приручить». Понимая, что деньги и должности ему не нужны, а запугать его ничем нельзя, решила пустить в ход свои чары. Помпадур знала, что все попытки светских красавиц соблазнить графа окончились неудачей, поэтому ею руководил азарт — сделать то, чего не удалось другим.
Фаворитка пригласила к себе графа, сославшись на болезнь. Однако Сен-Жермен словно прочёл её мысли и повёл себя с кокеткой довольно дерзко. Для начала заявил, что причина недомогания в переедании, затем упрекнул в бессмысленной ненависти к королеве Марии, а под конец назвал точную дату её смерти. Надо ли говорить, что после такого «задушевного» общения маркиза де Помпадур стала злейшим врагом Сен-Жермена. Она даже попыталась засадить его в Бастилию, но Людовик встал на защиту своего спасителя, отказавшись выполнить настойчивую просьбу фаворитки. Тогда Помпадур вместе с Шуазелем разработали коварный план, посоветовав королю отправить Сен-Жермена на переговоры в Гаагу. Тот умело отстаивал интересы Франции, однако вскоре был арестован по обвинению в подготовке убийства королевы Марии, супруги Людовика XV. Поводом послужило письмо, которое якобы обронил Сен-Жермен, в нём он излагал этот коварный план. Письмо, без сомнения, было фальшивкой, но до выяснения обстоятельств графа бросили в голландскую тюрьму, откуда он, разумеется, бежал.
Но как Сен-Жермен, способный предвидеть события, дал заманить себя в ловушку? Скорее всего, он знал, что всё закончится благополучно, и использовал эту историю для того, чтобы просто покинуть Францию, где он чересчур надолго задержался.
После этого Сен-Жермена видели в Англии, Италии, Саксонии, Пруссии и даже в России накануне переворота 1762 года, когда к власти пришла Екатерина II. Не исключено, что граф имел к этому самое непосредственное отношение. Во всяком случае, существуют упоминания о встрече Сен-Жермена с Алексеем Орловым. А один немец, служивший в то время в России, в мемуарах писал, что однажды пьяный Григорий Орлов сказал ему об истинной пружине переворота: «Кабы не Сен-Жермен, ничего бы и не произошло…»
В 1766 году Сен-Жермен нашёл прибежище у прусского короля Фридриха II, однако на следующий год перебрался к принцу Гессенскому, в Готторп на Балтике. Если верить принцу, Сен-Жермен скончался в 1784 году, ему было девяносто три года, хотя выглядел не старше шестидесяти. Вскоре поползли слухи, что «покойник» в 1785 году был на масонском конгрессе, а Мария-Антуанетта утверждала, будто Сен-Жермен предупреждал её за несколько месяцев о неминуемой революции. Графа видели в 1788, 1793, 1814 годах. Потом все, кто его знал по бурному XVIII веку, покинули этот мир. Правда, иногда появлялись проходимцы, пытавшиеся использовать имя графа в личных целях, но к Сен-Жермену они не имели никакого отношения.