Первые годы жизни Джонатану пришлось бы провести в грязи и нищете дублинских задворок, но случилось иначе. Его кормилице и няньке понадобилось ехать в Англию, чтобы повидать умирающего родственника в Уайтхевене, оставлявшего её наследницей. Уезжая, нянька тайно прихватила с собой годовалого малютку Джонатана. До шести лет Свифт жил у неё в Англии. Она обучила мальчика азбуке, и, возвратившись к матери в 1673 году, он уже свободно читал Библию. Тогда же мать определила его в знаменитую среднюю школу в маленьком городке Килькенни, где обучались дети из лучших ирландских семейств.
Мать Свифта вскоре вернулась в Англию, и содержание мальчика взял на себя его богатый дядя, родной брат матери, Годвин. В пятнадцать лет Свифт окончил школу и вместе с двоюродным братом Томасом поступил в Дублинский университет. После Оксфорда и Кембриджа это был знаменитейший университет с хорошо поставленным обучением литературе, древним языкам и главным образом — богословию. Студентов ожидала карьера священников. Обучение длилось шесть лет, и все эти годы Свифт находился на содержании дяди, не забывавшего напоминать ему о своих благодеяниях. Он много читал, пробовал писать, нередко кутил, за что получал многочисленные взыскания от начальства. Товарищи относились к нему с уважением, но без особой любви — его немного боялись; пугала острота и сарказм его суждений. Однако многим импонировала настойчивость его характера.
В университете произошёл случай, определивший его дальнейшую судьбу. В 1685 году в большом зале университета, в присутствии профессоров, раздававших степень бакалавра искусств, странный, неловкий студент с голубыми глазами и сурово насупленными бровями, потерпевший уже один раз на экзамене по логике неудачу, вновь появился перед экзаменаторами, не пожелав, однако, познакомиться с учебниками.
Его спросили: как же сумеет он рассуждать, не зная правил логики? Он ответил, что сумеет рассуждать и без правил. Неслыханная наглость вызвала скандал. Он всё же получил степень, но еле-еле, по «особой льготе», как было сказано в экзаменационном листе. Профессора разошлись «с улыбкой сострадания, сожалея о ничтожных способностях Джонатана Свифта». Таковы были его первые унижения и первый повод к возмущению против людей. Он учился лишь тому, чему хотел. Уже в семнадцать—восемнадцать лет Свифт знал себе цену и подчёркивал независимость своего мышления и характера.
Мать Свифта вспомнила, что она — землячка одной знатной дамы, жены сэра Уильяма Темпла, жившего в своём поместье в Шпине, и попросила её о протекции для сына. В конце 1689 года Джонатан получил должность секретаря и чтеца сэра Уильяма, на полном содержании, с жалованьем в двадцать фунтов в год. Следующее десятилетие в его жизни связано с именем сэра Уильяма Темпла. Именно в этот период Свифт сделался великим гуманистом, самым свободным, наиболее реалистически и трезво мыслящим человеком своего времени.