Торпедные катера, которые обычно несли разведывательную службу, днем были беззащитны от налетов авиации. Так, 11 сентября в 4.30, когда произошла высадка советских войск под Новороссийском, катера, возвращавшиеся с патрульной службы в районе бухты Озерейка в базы Анапа и Иван Баба, были атакованы советскими штурмовиками. С катеров вызвали истребительное прикрытие. Советские самолеты снижались до высоты десяти метров и обстреливали торпедные катера. Огонь зенитного вооружения не помогал, так как 20-мм снаряды зенитных пушек отскакивали от бронированных штурмовиков. На S-46 из строя вышли машины, в торпедных аппаратах сдетонировали две торпеды, передняя часть катера была полностью разрушена. Несмотря на продолжавшиеся атаки, патрульному катеру удалось спасти с тонувшего S-46 экипаж, члены которого были почти все ранены, а также снять погибших. В 5.50 появилось истребительное прикрытие, прогнавшее советские штурмовики.
27 сентября торпедные катера 1 -й флотилии торпедных катеров капитана 3-го ранга Бюхтинга атаковали Анапу, чтобы помешать советским транспортным коммуникациям. В 23.00 катера находились у входа в порт. Определив цели у мола, они подошли ближе и с дальности 800 метров выпустили торпеды. Восьмью торпедами было потоплено четыре судна водоизмещением около 2200 брт. Во время повторной операции на следующую ночь вылетел ночной разведчик, который восемью световыми бомбами осветил порт, но он был пуст.
Охранение севернее Керченского пролива и Темрюкской бухты обеспечивали 3-я флотилия тральщиков капитан-лейтенанта Классмана и артиллерийские баржи. Артиллерийские баржи делали из девяти понтонов и устанавливали на них две 88-мм зенитные пушки, 20-мм счетверенную зенитную установку и станковый пулемет. Небольшая осадка и низкий силуэт делали артиллерийскую баржу идеальным прибрежным кораблем.
17, 20 и 24 сентября немецкие силы флота провели большое количество боев с кораблями советской Азовской флотилии контр-адмирала Горшкова. Чтобы затруднить высадку новых советских десантов в районе Голубицкой, крымская группа 3-й флотилии тральщиков обер-лейтенанта Шнайдера получила приказ в ночь на 27 сентября поставить минные заграждения перед азовским портом Приморско-Ахтарская. Шнайдер описывает эти действия так:
«Мой план состоял в том, чтобы выйти в море так, чтобы пройти Керченский пролив, требующий навигационного внимания, еще в сумерки и быть на достаточном удалении от мыса Хрони. Оттуда было необходимо для введения в заблуждение, в зависимости от видимости, пройти дальше на север в направлении украинского берега, а затем, напротив Приморско, резко взять курс на запад.