Польских офицеров во главе с Будилой 15 декабря доставили в Нижний Новгород, где взяли под строгий караул. Позже Будила напишет, что местные власти решили их всех утопить в Волге, но вмешательство матери князя Пожарского спасло им жизнь.
Войдя в Кремль, ратники Пожарского и казаки Ляпунова ужаснулись. Все церкви были разграблены и загажены, почти все деревянные постройки разобраны на дрова и сожжены. В больших чанах нашли разделанные и засоленные человеческие трупы. Тем не менее воеводы приказали отслужить обедню и молебен в Успенском соборе.
Сразу же после изгнания поляков начались очистка и восстановление Кремля и всей столицы. Трубецкой поселился в Кремле во дворце Годунова, а Пожарский – на Арбате в Воздвиженском монастыре. Кремлевские сидельцы – бояре разъехались по своим вотчинам. Михаил Романов с матерью уехали в направлении Костромы.
Король Сигизмунд в Вязьме узнал о капитуляции польских войск в Москве. Там королевские войска соединились с отрядами гетмана Ходкевича и вместе двинулись осаждать укрепленный городок Погорелое Городище. Местный воевода князь Юрий Шаховский на требование сдачи ответил королю: «Ступай к Москве. Будет Москва за тобою, и мы твои». Король послушался и пошел дальше.
Основные силы поляков осадили Волоколамск, а конный отряд пана Адама Жолкевского двинулся к Москве. Жолкев-ский дошел до села Ваганьково, где был атакован русскими. Поляки были разбиты и бежали. В бою поляки захватили смоленского дворянина Ивана Философова. Жолкевский велел допросить его и узнать, хотят ли по-прежнему москвичи королевича Владислава на царство, полнолюдна ли Москва и много ли там припасов? Философов ответил, что Москва «людна и хлебна» и все готовы помереть за православную веру, а королевича на царство брать не будут. То же самое дворянин сказал и самому Сигизмунду.
Потеряв надежду овладеть Москвой, король решил по крайней мере взять Волоколамск, который обороняли воеводы Иван Карамышев и Чемесов. Поляки трижды штурмовали город, но были отбиты. Третий штурм кончился вылазкой казаков под началом атаманов Нелюба Маркова и Ивана Епанчина. Казакам удалось отогнать ляхов и уволочь у них несколько пушек.
27 октября Сигизмунд приказал войску уходить в Польшу. По дороге от холода и голода поляки потеряли несколько сотен человек.
Зиму 1612/13 г. князь Пожарский провел в Москве. После освобождения столицы от поляков его влияние постепенно падало. Историки давно ломают копья в спорах: домогался ли Дмитрий Михайлович царского престола? Сторонники этой версии любят приводить показания дворянина Л. Сукина, который в 1635 г. утверждал, что «Дмитрий Пожарский воцарялся, и стало ему в двадцать тысяч». Противники утверждают, что-де Сукин врал со злости на князя. Главным же аргументом против «воцарения Пожарского» служит миф о храбром, но наивном и глуповатом воеводе, который и помыслить не мог о царском венце. Хорошей иллюстрацией этого мифа стала народная песня, записанная в 40-х годах XIX века П.В. Киреевским: