Ирландцы воспротивились, и всю вторую половину шестнадцатого века в Ирландии шла ожесточенная война, оставившая после себя следы глубокого опустошения.
Во времена правления Елизаветы I из 5 миллионов фунтов, затраченных на войны с другими государствами, почти половина пришлась на Ирландию.
Методы колонизаторов были крайне жестоки.
Так, например, в 1574-м году британская армия под командованием графа Эссекского в походе на Ольстер полностью уничтожила все население Ратлин Айленда, что составляло около 600 людей шотландского происхождения.
Эдвард Баркли, принимавший участие в этом походе, изобразил, как люди графа изгоняют ирландцев из долин в леса, где те умрут от голода и холода с наступлением зимы, и заключает: «Поистине благородное дело — изгнать народ столь отвратительный, всем миром осуждаемый. Сам я полагаю, что большей жертвы Богу и быть не может.»
Ирландцев Мунстера, выступивших против колонизации, ждало тотальное истребление.
Сэр Хамфри Джилберт, военный наместник Мунстера, /с.16/ приходившийся сводным братом сэру Уолтеру Рейли, пишет:
«Время от времени я истребляю всех тех, кто служил, кормил, сопровождал или оказывал помощь всяческим преступникам и предателям.
Если они не откликнутся на мой призыв и не сдадутся, я не стану ждать от них этого подарка и овладею крепостью силой — сколько бы жизней это ни стоило. Пощады не будет ни женщине, ни ребенку.»
Памфлетист Томас Черчард, сопровождавший Джилберта Мунстерского, оправдывает убийство мирных людей тем, что они поставляли восставшим продукты, «так что убивать их мечом значило истреблять повстанцев голодом.»
Черчад красноречиво описывает методы Джилберта:
«Головы убитых за день, к какому бы сословию те не относились, должно было отсечь и принести к тем местам, где он располагался на ночь, и разложить их по обеим сторонам дороги, ведущей к его палатке, и так, чтобы никто идущий к нему с каким-либо делом, не преминул увидеть их.
Головы должны устрашать; от мертвых не убудет, а живые пусть ужасаются при виде голов своих отцов, братьев, детей, родственников и друзей, на которые будут натыкаться, идя разговаривать с вышеупомянутым полковником.»
Елизаветинские предрассудки
Период правления Елизаветы породил, по словам историка Николаса Кэнни, «целый поток оправданий колонизации и завоеванию».
В 1577 году появляются первые сочинения об истории Ирландии на английском языке, собранные в первом томе «Хроник» Холиншеда.
Историографии, написанные Эдмундом Кэмпом и Ричардом Стэнихерстом, изображают ирландцев варварами и отсталым народом.