Однако центр тяжести всей разведывательной работы в Китае в августе 1939 г. переместился во временную столицу Чунцин, где находилось центральное правительство. Задачи перед 34-летним "комбригом", как называли между собой резидента другие сотрудники резидентуры, стояли поистине колоссальные. Нужно было постоянно следить за происками японской военщины в отношении СССР и Китая, не прозевать возможное нападение Квантунской армии на советский Дальний Восток. Центр также ставил задание любой ценой удержать центральное правительство Китая на позициях активного сопротивления японской агрессии, не дать ему опуститься на колени перед самураями.
Для получения информации, волнующей Центр, были необходимы ценные источники среди государственных, политических и общественных деятелей Китая. Панюшкину А.С. удалось установить доверительные отношения с рядом прогрессивных лиц, выступающими за продолжение войны с Японией и укрепление дружбы с Советским Союзом. При непосредственном участии Панюшкина как бывшего комбрига, к чьим советам прислушивался сам Чан Кайши, удалось разработать и осуществить план обороны города Чанша и нанести японцам поражение.
Главный резидент, он же Посол Советского Союза, приложил много усилий для предотвращения конфронтации между Гоминьданом и компартией, недопущению гражданской войны в стране в 1940-1941 г.г.
Руководимая им резидентура не только полно и своевременно информировала Центр об основных проблемах внешней и внутренней политики Китая, деятельности в стране представителей основных стран Запада и Японии, но и за полтора месяца до нападения Германии на СССР получила и направила в Москву оперативный план германского военного командования о главных направлениях продвижения фашистских войск, добытый оперативным путем у военного атташе Германии.
Главная задача резидентур внешней разведки на Дальнем Востоке в конце 30-х – начале 1940-х годов – не просмотреть возможности нападения на Советский Союз не снималась с повестки дня до середины 1943 года. Руководимые Панюшкиным А.С. резидентуры в Китае успешно справились с этой задачей.
За работу в Китае Панюшкин А.С. был награжден орденом Ленина. Возвратившись в Москву в 1944 году, он был назначен на пост заместителя заведующего отделом международной информации ЦК ВКП(б), на котором проработал до мая 1947 года.
В 1947 году Панюшкин А.С. вновь возвратился во внешнюю разведку и был назначен главным секретарем Комитета информации при Совете министров СССР.
В октябре 1947 года он был направлен на работу в США в качестве Чрезвычайного и полномочного посла, являясь одновременно главным резидентом в этой стране. Выбор кандидатуры Панюшкина А.С. не был случайным. В связи с предательством источника резидентуры Э.Бентли и бегством в Канаде шифровальщика ГРУ И.Гузенко в США разворачивалась антисоветская кампания. Было необходимо не только принять меры по нейтрализации ущерба, нанесенного разведывательной деятельности в этой стране, но и не допустить разрыва дипломатических отношений между двумя странами, к чему призывали ультраправые элементы в США.