1 сентября в Филях, в трех верстах от Москвы, был собран военный совет, на котором Кутузов принял решение оставить Москву, чтобы сохранить армию.
На следующий день французская армия подошла к Москве. Москва опустела: в ней осталось не более 10 тыс. человек. Первоначально Наполеон намеревался остаться в Москве на всю зиму, чтобы подготовиться к военной кампании в следующем году. Но чем дольше его армия оставалась в Москве, тем более она разлагалась. Создались серьезные трудности в обеспечении армии продовольствием и фуражом. Москва была блокирована партизанами, уничтожавшими французских солдат. Во время своего пребывания в Москве армия Наполеона потеряла до 30 тыс. человек.
28 сентября в городе начался пожар. Наполеон решил оставить Москву. Перед уходом из Москвы (7 октября) Наполеон отдал приказ взорвать Кремль и кремлевские соборы, разрушить городские сооружения.
Из Москвы отступала более чем 100-тысячная французская армия с огромным обозом награбленных ценностей. Стратегический план Наполеона состоял в том, чтобы по пути разгромить русскую армию, овладеть продовольственной базой в Калуге и военными арсеналами Тулы и далее отправиться на юг, в плодородные и не разоренные войной губернии. Этот план был сорван Кутузовым.
В 75 верстах от Москвы по Калужской дороге был создан Тарутинский лагерь, который сыграл решающую роль в подготовке русской армии к контрнаступлению. В губерниях сформировались народные ополчения. Наполеон ускорил движение основных сил своей армии к Калуге. Кутузов направил свои войска ему наперерез, к Малоярославцу. 12 октября произошло сражение под Малоярославцем. Стратегическая инициатива перешла к русской армии. Наполеон вынужден был отказаться от движения на юг и повернуть к Вязьме, на разоренную войной старую Смоленскую дорогу. Началось отступление французской армии, впоследствии превратившееся в бегство.
28 октября Наполеон привел к Смоленску всего лишь около 50 тыс. солдат, что составляло половину армии, вышедшей из Москвы. Запасы продовольствия в городе оказались незначительными. С юга двигалась армия П. В. Чичагова. Создалась угроза окружения и захвата французской армии в Смоленске. Спустя 5 дней Наполеон отдал приказ о дальнейшем отступлении на запад.
С момента вторжения Наполеона в Россию в стране разгоралась народная война против иноземных захватчиков. Партизанское движение приняло широкий размах. Стали создаваться армейские партизанские отряды, проводившие свои операции во взаимодействии с регулярной армией.
Партизанские отряды, развернув "малую войну", нарушали коммуникации противника, блокировали отступавшую французскую армию, лишая ее фуража и продовольствия.