Существует очень немного описаний того, как Мюллер вел допрос, в чем он был большим мастером. Мюллер отличался большим упорством и иногда проводил допрос несколько часов подряд. У него была замечательная память, и ему почти всегда удавалось извлечь из показаний правду. Единственное сохранившееся свидетельство почерпнуто из записок схваченного гестапо британского агента капитана Беста. Бест был похищен в Голландии после покушения на жизнь Гитлера в ноябре 1939 года и доставлен на допрос к Мюллеру.
«Мюллер был подвижный, невысокий человек чрезвычайно приятной внешности. В своей одежде он подражал Адольфу Гитлеру – серый форменный френч, бриджи в полоску и высокие сапоги. Он начал „давить“ на меня сразу, как только вошел, и по мере того как он приближался, он повышал голос с большой виртуозностью. Когда он подошел вплотную ко мне, его голосовые связки были на пределе. „Вы находитесь в руках гестапо. Не воображайте, что к вам здесь будут относиться с изысканным уважением. Фюрер уже показал миру, что он непобедим, и скоро он избавит народ Англии от евреев и плутократов вроде вас. Вам угрожает серьезная опасность, и если вы хотите дожить до завтрашнего дня, вам следует поостеречься“. Затем он сел на стул напротив меня и придвинул его как можно ближе, как будто собирался загипнотизировать меня. У него были довольно забавные глаза, которыми он очень быстро водил из стороны в сторону. Вероятно, по замыслу это должно было вселять ужас в сердце сидящего перед ним». Затем Бест столкнулся с Гейдрихом, который закричал на него: «Пока что с вами обращаются как с офицером и джентльменом, но не думайте, что так будет продолжаться, если ваше поведение не исправится. У вас есть два часа, чтобы признаться во всем. Если вы этого не сделаете, я передам вас гестапо, где привыкли иметь дело с подобными бандитами и преступниками, и вам их методы не понравятся».
Я повернулся к Мюллеру, который стоял рядом, и спросил: «Кто этот неуравновешенный молодой офицер?» Тут Гейдрих совершенно вышел из себя, у него в буквальном смысле выступила пена на губах; по крайней мере, он забрызгал меня слюной. Мюллер быстро выдворил меня из этой комнаты и втолкнул в другую. Позже он зашел еще раз и сказал, чтобы я не принимая это слишком всерьез: «Суп с плиты не едят сразу». Бест заключает свое описание Мюллера следующими словами: «Исходя из собственного опыта, я всегда считал Мюллера очень порядочным человеком».
Генрих Мюллер был пяти футов семи дюймов ростом, плотного сложения, с коротко подстриженными на висках темно-каштановыми волосами и правильными чертами лица. У него был маленький твердый рот, и он редко улыбался, но в его лице, как, по сути, и во всем его облике, наибольшее внимание обращали на себя глубоко посаженные глаза, очень пристально вглядывающиеся в людей.