Во время мирной передышки дивизию оставили во Франции, дав возможность насладиться покоем и прекрасной погодой и восстановить силы. Сначала, в августе, ее перебросили в Аваллон, в сентябре 1940 года – в Биарриц, а затем вновь в Бордо. Почти десять месяцев эсэсовцы оставались во Франции – сначала (с июля 1940 года) дивизия входила в состав XIV моторизованного корпуса генерала пехоты Густава фон Витерсгейма 2-й армии. В сентябре 1940 года она была передана в подчинение 7-й армии и в ноябре включена в состав XXXI командования, а после создания в январе 1941 года XXXIX моторизованного корпуса передана в его состав. Постепенно поступало и новое вооружение – воодушевленный успехами дивизий СС, Гитлер распорядился организовать их снабжение на уровне моторизованных дивизий вермахта. В декабре 1940 года в дивизию поступило 500 тяжелых пулеметов, а в апреле 1941 года в ее составе сформировано зенитное подразделение – зенитный дивизион СС «Мертвая голова» (SS-Flak-Abteilung). А уже в Восточной Пруссии, совсем накануне войны с СССР, в июне 1941 года в составе дивизии сформированы полевой запасной батальон (SS-Feldersatz-Battillon) и тяжелый артиллерийский дивизион (schwere SS-Totenkopf-Artillerie-Abteilung), укомплектованный 150-мм орудиями.
В апреле 1941 года началась переброска частей дивизии по железным дорогам в Восточную Пруссию – Германия готовилась к войне с Советским Союзом. Наконец дивизия, к этому времени уже восстановившая свои потери и насчитывавшая по штатному расписанию 18 754 человека, разместилась в Мариенвердере и была включена в состав 4-й танковой группы, которой командовал все тот же Эрих Гёпнер, так критически отозвавшийся о действиях Эйке во Франции.
В течение 2-й половины 1940 – 1-й половины 1941 годов Гиммлер (и энтузиаст войск СС Готлоб Бергер) провели широкомасштабную реорганизацию. Эйке это коснулось в той мере, что, сформированные им как штандарты СС «Мертвая голова», были переформированы в пехотные полки и влиты в войска СС. На место ушедших солдат – молодых, хорошо физически подготовленных военнообязанных людей – были набраны люди старших возрастов, которые были признаны ограниченно годными к военной службе. Неиссякаемых резервов для своей дивизии Эйке лишился, правда в отношении младшего и среднего командного звена и унтер-офицеров кое-какие возможности у него еще остались. Это и было существенное отличие дивизии «Мертвая голова» от других дивизий СС. Оставаясь инспектором концлагерей и командиром соединений «Мертвая голова» (которые в конце концов были полностью причислены Гиммлером к войскам СС), Эйке наладил постоянный обмен кадрами между дивизией и соединениями. Поэтому если большая часть военнослужащих войск СС – того же «Лейбштандарта» или «Рейха» – в целом не очень сильно отличались от обычных военнослужащих (разве что были более фанатичными и «политически образованными»), то провести черту между солдатами (а прежде всего офицерами и унтер-офицерами) дивизии Эйке и охраной концлагерей было крайне сложно. Одни и те же люди служили то в боевых частях, участвуя в сражениях рядом с солдатами вермахта, то в охране концлагерей, неся ответственность за организованный СС геноцид. Практически все руководящие офицеры концлагерей прошли школу дивизии «Мертвая голова», например, служил в ней в качестве военного врача и печально известный доктор Йозеф Менгеле. Презрение к чужой жизни эти люди переносили из лагерей на фронт, чему активно способствовал их командир.