"Йорктаун" находился в критическом положении. Через 5 минут после окончания атаки кренометр на мостике авианосца показывал крен 26° на левый борт. Капитан 1-го ранга Букмастер позвонил в машину по безбатарейному телефону, но услышал только плохие новости. Старший механик капитан 3-го ранга Дилени доложил, что все котлы погасли - корабль остался без энергии. Вспомогательный генератор цел, но все электроцепи разбиты. Затем на мостик пришло сообщение от командира дивизиона живучести капитана 2-го ранга Элдрича. Он докладывал, что без энергии нет возможности пустить насосы для контрзатопления отсеков и перекачки топлива или сделать что-либо другое для выравнивания крена. На мостике казалось, что "Йорктаун" вот-вот перевернется.
На протяжении нескольких минут капитан 1-го ранга Букмастер, мучительно размышляя, молча ходил взад и вперед, по мостику. Офицеры, стоявшие вокруг, молча ждали решения командира. В конце концов Букмастер принял решение оставить корабль. "Йорктаун" выглядел обреченным, и впоследствии Букмастер заметил:
- Я не видел никакого смысла топить вместе с авианосцем 2000 человек.
В 14.55 был отдан приказ: "Оставить корабль!" Семафором его сообщили на корабли охранения, голосом и по безбатарейным телефонам передали экипажу авианосца. Из машинных отделений, с аварийных постов, из бесчисленных помещений гигантского корабля, спотыкаясь в кромешной темноте нижних коридоров, скользя на облитых горючим трапах, на полетную палубу хлынул поток людей. Крен, темнота, разлитый кругом мазут - все затрудняло подъем наверх. Ни одно учение по оставлению корабля не было похоже на то, с чем пришлось столкнуться в действительности. Были забыты или игнорировались все правила, связанные с оставлением корабля. На мостике был оставлен вахтенный журнал, в шифровальной рубке остался открытым сейф, вокруг лежали шифровальные книги и папки с секретными документами, в помещениях для инструктажа было разбросано более 70 комплектов авиашифров для боевой радиосвязи.
Внизу, в лазарете, врачи и санитары, подсвечивая себе ручными фонарями, пытались организовать подъем наверх 60 раненых. Раненых приходилось тащить на носилках по накренившимся, скользким палубам и поднимать наверх по разбитым трапам. Все в полной темноте или в свете ручных фонарей. А в операционной старший врач авианосца капитан 1-го ранга Дэвис и хирург капитан 3-го ранга Френч Продолжали оперировать тяжело раненного при свете акумуляторного фонаря, ничего не зная о приказе оставить корабль.
Сотни людей столпились на полетной палубе, совершенно не представляя себе, что делать дальше. Некоторые ожидали спуска на воду шлюпок и катеров, забыв, что отсутствие электроэнергии не позволяет этого сделать. Некоторые были мрачны, кое-кто плакал, но, как ни странно, слышались также шутки и смех. Было чуть больше 15.00. Эскадренные миноносцы подошли ближе, готовясь принять из воды экипаж авианосца. Собираясь покинуть корабль, матросы снимали ботинки, и постепенно целый ряд ботинок выстроился на полетной палубе - все они аккуратно стояли носками в сторону борта.