1. Главным силам к 3.00 5 июня быть в точке 32°08' с. ш. и 175°45' в. д. Курс 90°, скорость 20 узлов.
2. Ударному авианосному соединению, соединению вторжения (исключая 7-ю дивизию крейсеров) и соединению подводных лодок, взаимодействуя друг с другом, немедленно вступить в боевое соприкосновение с противником и завершить его разгром".
Неизвестно, как отреагировал на этот приказ адмирал Нагумо, поскольку одновременно пришло сообщение о том, что авианосец "Сорю" затонул.
Все послеполуденное время "Сорю" продолжал гореть, сотрясаясь от внутренних взрывов. Эсминцы охранения беспомощно кружили вокруг него. Перед заходом солнца, когда экипаж был уже снят с авианосца, на него был отправлен главстаршина Абэ с тем, чтобы попытаться спасти командира авианосца капитана 1-го ранга Янагимото, который отказался покинуть корабль. Абэ был чемпионом флота по борьбе и имел приказ - в случае необходимости силой заставить Янагимото покинуть обреченный авианосец. Но капитан 1-го ранга Янагимото отказался даже пошевелиться, а у Абэ не хватило духу поднять руку на своего командира. Со слезами на глазах он вернулся с авианосца один. "Сорю" медленно погружался. На стоящем рядом эсминце "Макигумо" кто-то запел японский национальный гимн. Другие подхватили его. Когда величественная мелодия гимна взлетела над волнами, нос авианосца задрался вверх, а корма погрузилась в воду. На мгновение "Сорю" застыл в этом положении - и в 19.13 все было кончено.
Через 20 минут наступила очередь авианосца "Kaгa". Все время после полудня корабль дрейфовал, лишившись хода, но оставшиеся на его борту люди продолжали бороться с огнем, пытаясь залить пожар ведрами. Это была безнадежная борьба, и перед заходом солнца эсминец "Хагикадзе" послал катер, чтобы снять с авианосца тех, кто еще оставался на борту. Матросы отказались покинуть корабль и отправили катер назад за ручной пожарной помпой. Катер вернулся на авианосец с письменным приказом, который предписывал всем покинуть корабль. На этот раз моряки подчинились. Один старый старшина, служивший на авианосце с момента его спуска на воду, плакал как ребенок: слезы стекали с его седых усов. Через некоторое время в темноте прозвучали два оглушительных взрыва, и в 19.25 с авианосцем "Кага" было также покончено.
В этот же самый момент на "Акаги" капитан 1-го ранга Аоки приказал всем уцелевшим собраться на полетной палубе. Потеряв надежду спасти корабль, Аоки поблагодарил своих подчиненных за проявленное мужество, попрощался с ними и приказал всем покинуть авианосец. Эскадренные миноносцы "Новаки" и "Араси" подошли к "Акаги", начав в 20.00 снимать с него экипаж. Адмиралу Нагумо была послана радиограмма, запрашивающая разрешения затопить "Акаги". Нагумо ничего не ответил, но тут вмешался сам Ямамото. Главнокомандующий перехватил запрос и в 22.25 радировал в ответ короткий приказ: "Не топить "Акаги".