В Переволочне были взяты в плен двенадцать запорожцев, захвачено знамя и одна исправная пушка. В наказание за сопротивление все жители селения, включая стариков, женщин, детей, были преданы смерти, сама Переволочна сожжена до последнего строения, та же участь постигла казачьи мельницы по Днепру и Ворскле. Выполняя предписание князя Меншикова, Яковлев лично проследил за уничтожением всех судов и лодок на пристанях Переволочны и паромной переправы через Днепр.
Уроки, преподанные мятежным запорожцам в Келеберде и Переволочне, пошли им впрок, и в Новом и Старом Кодаках, куда экспедиция прибыла после Переволочны, она не встретила никакого сопротивления. Жителей, что пытались скрыться от русских в степи, переловили драгуны и казаки Кандыбы и изрубили на месте, тех, что хотели найти убежище на днепровских островах, разыскали приплывшие туда солдаты и тоже перебили. Оставшиеся в живых жители были отправлены в Новобогородицкую крепость, а оба Кодака разделили участь Келеберды и Переволочны — сожжены дотла, дабы уже никогда не могли служить пристанищем смутьянам.
После Старого Кодака экспедиции пришлось преодолевать пороги, и уже на первом, Кодацком, произошла беда. Лоцманы-казаки сбежали из отряда, знатоки порогов из местных жителей наотрез отказались помогать русским, поэтому проводниками через коварные каменные ловушки-теснины пришлось стать солдатам из Новобогородицкой крепости. Немудрено, что два суденышка разбились, и лишь благодаря заранее принятым мерам предосторожности удалось избежать человеческих жертв. Остальные пороги повезло миновать без неприятных происшествий, и, проплыв мимо острова Хортица, седьмого мая лодочный караван и оба конных отряда прибыли к крепости Каменный Затон, построенной почти рядом с Сечью.
Вступать в крепость Яковлев поостерегся — в ней свирепствовала какая-то заразная болезнь — и приказал экспедиции расположиться невдалеке от нее. Сразу по прибытии он отправил в Сечь с казаком Сметаной, некогда запорожским старшиной, а ныне сотником-реестровиком у гетмана Скоропадского, «увещевательное письмо» от князя Меншикова, в котором тот предлагал сечевикам признать власть Москвы и не поддерживать изменника Мазепу. В ответ запорожцы утопили Сметану, тем не менее Яковлев послал им новое письмо, уже от своего имени, в котором во избежание кровопролития советовал добровольно выдать ему зачинщиков бунта и сложить оружие. На свое письмо он получил послание, в котором запорожцы сообщали, что себя бунтовщиками не считают, власть русского царя признают, однако его войска на Сечь не пустят ни под каким предлогом.