Д. Н. Замятнин сумел подобрать на новые должности, особенно председателей судов и прокуроров, значительное число квалифицированных юристов, и что самое главное, — людей с высокими нравственными качествами, беззаветно преданных делу судебной реформы. Многие из них стали украшением российской юстиции. Обер-прокурорами кассационных департаментов Правительствующего сената одними из первых были назначены М. Е. Ковалевский (уголовного), Д. Г. Дервиз (гражданского). Первым прокурором Санкт-Петербургской судебной палаты стал Я. Я. Чемадуров, а Московской судебной палаты — Д. А. Ровинский.
…К весне 1866 года все подготовительные работы по устройству новых судов были завершены. 14 апреля император Александр II лично посетил здание Санкт-Петербургской судебной палаты. Замятнин представил ему недавно назначенных судебных деятелей. После осмотра здания, на встрече с судьями и прокурорами, император сказал: «Я надеюсь, господа, что вы оправдаете оказанное вам доверие и будете исполнять новые ваши обязанности добросовестно, по долгу чести и верноподданической присяги, что, впрочем, одно и то же. Итак, в добрый час, начинайте благое дело».
Через два дня здание Санкт-Петербургских судебных установлений было освящено. 17 апреля 1866 года в столице состоялось торжественное открытие новых судов. Впоследствии Дмитрий Николаевич не раз повторял, что это был лучший день в его жизни.
23 апреля 1866 года в торжественной обстановке были открыты и Московские судебные установления, а в ноябре и декабре того же года — все 14 окружных судов Санкт-Петербургской и Московской судебных палат. Новые суды почти сразу же завоевали доверие и уважение самой широкой общественности. Многие газеты с восторгом писали об их деятельности, рассказывали о первых гласных судебных процессах. Публика забивала залы судебных заседаний до отказа.
После открытия новых судов в Петербурге и Москве Замятнин не смог долго удерживать за собой пост министра юстиции и генерал-прокурора. Самостоятельный и независимый суд устраивал далеко не всех в правительстве Александра II. Переход от старых порядков к новым оказался слишком резким и крутым. Исподволь начались нападки не только на недавно зародившиеся судебные установления, но и на одного из активнейших проводников судебной реформы — Д. Н. Замятнина. По мнению Г. А. Джаншиева деятельность Замятнина стала «неприятной и даже ненавистной» для партий, враждебных реформам.
В самом начале 1867 года неожиданно для Замятнина у него забрали надежного помощника и единомышленника, товарища министра юстиции Н. И. Стояновского. На его место был назначен псковский губернатор граф К. И. Пален, известный своими консервативными взглядами, один из противников судебной реформы. При этом Замятнину было недвусмысленно заявлено, чтобы он готовил Палена в министры.