Желая придать единообразие и стройность системе прокурорского надзора, Муравьев издал в 1896 году Наказ чинам прокурорского надзора судебных палат и окружных судов. В нем впервые подробно и основательно были изложены все основные функции прокуроров при исполнении обязанностей, возложенных на них законом.
Первое время Муравьев использовал свои широкие полномочия с большой осторожностью. Он любил говорить, что работает «на два фронта», так как не хотел ссориться ни с властями, ни с лицами, стоявшими у истоков судебной реформы. Но в дальнейшем, по выражению А. Ф. Кони, он «снял маску» и «стал подкапываться под главные устои нового суда, под суд присяжных, несменяемость судей, единство кассации, предварительное следствие». Все чаще и чаще у него возникали конфликты и трения с независимо держащимися судебными деятелями. В угоду приближенным к императору вельможам требовал от своих подчиненных того или иного решения судебных дел. В таких случаях голосом, не терпящим возражений, он говорил: «На это дело обращено о с о б о е внимание».
В 1895 году Н. В. Муравьев присоединил к Министерству юстиции главное тюремное управление, ранее находившееся в ведении Министерства внутренних дел. Некоторые государственные деятели, например, А. Ф. Кони и С. Ю. Витте, считали такое решение Муравьева серьезной ошибкой.
Когда Н. В. Муравьев занял пост министра юстиции, прошло почти 30 лет с памятного дня утверждения Судебных уставов. Однако «благами» реформы пользовались в России далеко не все. 23 губернии и области, в том числе обширные территории Сибири, Степного и Туркестанского краев продолжали жить по дореформенным судебным порядкам. Наиболее были подготовлены к открытию новых судов Олонецкая, Оренбургская и Уфимская губернии. Этим Муравьев и занялся. В мае и июне 1894 года он лично открыл суды в этих губерниях, а заодно ближе познакомился и с судебными деятелями, которым предстояло проводить в жизнь реформу.
Меры по улучшению правосудия в обширном Сибирском крае принимались еще с 1885 года. Однако ожидаемых успехов достигнуто не было. Муравьев, тщательно изучив состояние судебной части в Сибири, пришел к твердому убеждению, что никакие частные изменения здесь не помогут. Необходимо было все изменить коренным образом на началах Судебных уставов 1864 года, приспособив их к местным условиям. Открытие Иркутской судебной палаты состоялось 2 июля 1897 года в присутствии Н. В. Муравьева.
К концу XIX века были открыты также новые судебные установления в Туркестанском крае, Степных и Закаспийских областях Российской империи, затем в северо-восточных уездах Вологодской губернии. 1 июля 1899 года на имя Муравьева был дан высочайший рескрипт, в котором отмечалось: «В вас, как в Министре юстиции, Я нашел отменно деятельного, даровитого и всесторонне подготовленного исполнителя Моих предначертаний. Сегодня, когда за введением Судебных уставов в северо-восточных уездах Вологодской губернии, на пространстве России нет уже более местности, которая бы не пользовалась благами присущих сим Уставам вечных начал правды, милости и равенства всех перед законом, Я с чувством живейшего удовольствия выражаю вам душевную Мою признательность за оказанное вами многополезное сотрудничество».