В 1839 г. он назначается на высший строевой пост в Балтийском море — главным командиром Кронштадтского порта и Кронштадтским военным губернатором. Эта должность совмещалась с ежегодным назначением командующим Балтийским флотом на время летних плаваний, и вплоть до самой своей смерти (в возрасте 73 лет, в 1852 г.) Беллинсгаузен продолжал выходы в море для боевой подготовки подведомственного ему флота.
Как главный командир Кронштадтского порта, адмирал (с 1843 г.) Беллинсгаузен принял исключительно большое участие в строительстве новых гранитных гаваней, доков, гранитных фортов, готовя Балтийскую твердыню к отпору нашествия западноевропейской коалиции, точно так же как подобную же задачу выполнял его прежний соплаватель адмирал М. П. Лазарев на юге — в Севастополе. Беллинсгаузен усердно тренировал свой флот и для улучшения качества артиллерийской стрельбы разработал и вычислил специальные таблицы, изданные под названием «О прицеливании артиллерийских орудий на море».[29] Как уже отмечалось, Беллинсгаузен был прекрасным моряком и до конца дней своих умело тренировал своих командиров в маневрировании и эволюциях. Современники, участвовавшие в этих эволюциях, давали ему аттестацию.
Но, «мастер своего дела», а присутствовавший на морских маневрах 1846 г. шведский адмирал Норденшельд воскликнул: «Я держу пари с кем угодно, что этих эволюции не сделает ни единый флот в Европе».[30] К чести старого адмирала нужно сказать, что он высоко ценил смелость и инициативу молодых командиров, и когда в 1833 г. во время осеннего плавания в устье Финского залива в бурную ненастную ночь командир фрегата «Паллада», будущий знаменитый флотоводец П. С. Нахимов, поднял своему адмиралу сигнал «Флот идет к опасности», последний беспрекословно изменил курс всей кильватерной колонны, благодаря чему эскадра была спасена от аварии на камнях.[31]
Ф. Ф. Беллинсгаузен всю жизнь интересовался географическими вопросами, читал все описания кругосветных плаваний и переносил на свою карту все новые открытия. Его имя значится среди первых избранных действительных членов Русского Географического общества, причем рекомендацию для приема в члены ему дали адмиралы Ракорд и Врангель.[32]
Конечно, Беллинсгаузену не хватало таланта и широты масштабов, свойственных М. П. Лазареву; он не являлся флотоводцем в полном смысле этого слова и не создал на Балтике такой прославленной морской школы с целою плеядою знаменитых моряков (Нахимов, Корнилов, Истомин, Бутаков и др.), как Лазарев на Черном море, но он оставил заметный след в истории русского флота и высоко поднял мировой авторитет русских мореплавателей и русской океанографической и гидрографической науки своим замечательным плаванием к Южному полюсу.