По возвращении из экспедиции Лазарев был произведен через чин непосредственно из лейтенантов в капитаны 2-го ранга и получил еще ряд наград. Но недолго Лазарев высидел на берегу: уже через год, в 1822 г., мы видим его снова на палубе корабля — теперь уже в должности начальника кругосветной экспедиции и командира фрегата «Крейсер». Лазарев был одним из очень немногих русских офицеров, совершивших три кругосветных плавания, и единственным, трижды обогнувшим земной шар в должности командира. Фрегат «Крейсер» вернулся через три года в Кронштадт в таком исключительном порядке, что на него все смотрели, как на недосягаемый образец. На «Крейсере» зародилась дружба двух великих моряков — Лазарева и Нахимова, который был тогда в чине мичмана. После возвращения из этого третьего кругосветного плавания капитан 1-го ранга Лазарев назначается командиром лучшего и новейшего линейного корабля «Азов», на котором переходит из Архангельска в Кронштадт, а еще через год, в 1827 г., направляется в составе эскадры контр-адмирала Гейдена к берегам Греции. Здесь Лазарев в качестве командира «Азова» и одновременно начальника штаба эскадры особенно отличился храбростью и умелым маневрированием в Наваринском бою, за что получает чин контр-адмирала. На «Азове» с Лазаревым плавали лучшие представители его морской школы — будущие прославленные адмиралы Нахимов, Корнилов и Истомин. Впервые в истории русского флота, кораблю Лазарева было присвоено высшее боевое отличие — Георгиевский флаг. В 1829 г. Лазарев впервые командует эскадрой и с нею возвращается в Кронштадт.
В 1832 г. он переводится в Черноморский флот, сначала на должность начальника штаба, а в 1837 г. — уже вице-адмиралом — назначается командиром Черноморского флота и портов и николаевским и севастопольским военным губернатором.
Здесь, на южных рубежах нашей Родины, широко развернулась энергичная деятельность Лазарева как флотоводца, воспитателя личного состава, строителя флота, портов и крепостей. Семнадцать лет стоял он во главе Черноморского флота и довел его до блестящего состояния. Этот период в истории Черноморского флота принято называть «Лазаревской эпохой». Опираясь на лучших офицеров своей школы, он подготовил черноморский театр военных действий, корабельный и личный состав Черноморского флота к отпору чужеземного нашествия — Крымской войне 1853–1856 гг. Тем же самым, но с меньшим блеском и талантом, в этот же период занимался на Балтийском театре Беллинсгаузен. В один и тот же день в 1843 г. оба бывших антарктических мореплавателя были произведены в полные адмиралы. Почти одновременно они и окончили жизненный путь (Лазарев в 1851 г., Беллинсгаузен в 1852 г.), лишь немного не дожив до боевого испытания созданной ими обороны русских морских границ.