Сии случаи, французская революция и излишние опасения московского градоначальника решили судьбу Новикова: его взяли в Тайную канцелярию, допрашивали и заключили в Шлиссельбургской крепости, не уличенного действительно ни в каком государственном преступлении, но сильно подозреваемого в намерениях, вредных для благоустройства гражданских обществ. Главное имение Новикова состояло в книгах: их конфисковали и большую часть сожгли (то есть все мистические).
Были тайные допросы и другим главным московским мистикам: двух из них сослали в их деревни; третьего, И. В. Лопухина, который отвечал смелее своих товарищей, оставили в Москве на свободе.
Император Павел в самый первый день своего восшествия на престол освободил Новикова, сидевшего около четырех лет в душной темнице; призывал его к себе в кабинет, обещал ему свою милость как невинному страдальцу и приказал возвратить конфискованное имение, то есть остальные, несожженные книги. Заключим: Новиков как гражданин, полезный своею деятельностию, заслуживал общественную признательность; Новиков как теософический мечтатель, по крайней мере, не заслуживал темницы: он был жертвою подозрения извинительного, но несправедливого. Бедность и несчастие его детей подают случай государю милосердому вознаградить в них усопшего страдальца, который уже не может принести ему благодарности в здешнем свете, но может принести ее Всевышнему».
Это было писано в назидание Александру Первому, дабы заботой о детях тот «отмыл» грехи своей бабки.
При Павле Новиков мог пригодиться отечеству. Но отечество сделало его практически инвалидом. К тому же император видел в Новикове прежде всего масона, а не реформатора. В этом плане новый император был большой оригинал. Понимая, что отечественные масоны своего рода суррогатные, он стал привечать на родине заграничных масонов – членов мальтийского ордена, потерявших свою Мальту. В благодарность за теплый прием мальтийские рыцари произвели императора в должность магистра, хотя по всем орденским канонам никакого права на это не имели. Павел гордился масонским званием. Масоны спешно входили в моду. Вряд ли Карамзин мог наблюдать это императорское масонское воссияние без улыбки.
Впрочем, время правления Павла было недолгим. В новом XIX столетии его сменил отцеубийца Александр. Именно на восшествие Александра на русский престол Карамзин и опубликовал первое свое произведение нового для него направления – «Историческое похвальное слово императрице Екатерине II». В этом тексте писатель отдавал должное блестящему столетию Екатерины и ее деяниям, проводя подспудно идею, что только разумное и просвещенное правление монарха может гарантировать стране процветание.