Сотрудники НКВД под давлением известных ученых освободили немца, но заставили его дать согласие на сотрудничество с советской разведкой. Вполне возможно, что Ф. Хоутерманс, как и разведчик Эрих Гимпель, работал на германскую военную разведку. Это предположение подтверждает тот факт, что когда фашисты в 1942 году захватили Харьков, то одним из первых в городе появился Фриц Хоутерманс. Он был в составе спецкоманды, которая интересовалась не украинским салом, а научно-технической документацией, приборами и оборудованием Харьковского физико-технического института, сотрудники которого принимали активное участие в атомных исследованиях в предвоенные годы. Все, что представляло интерес с точки зрения хорошо осведомленного Ф. Хоутерманса, было захвачено и вывезено в Германию.
Неудачная вербовка Хоутерманса получила огласку и нанесла значительный вред авторитету СССР. Не зная истинных причин ареста немецкого физика в Харькове, ученые, покидавшие Германию, не рискнули ехать в Москву, а предпочли отправиться сначала в Англию, а затем в США.
Возвратившись в Германию, Ф. Хоутерманс не думал о выполнении собственных обещаний о сотрудничестве с внешней разведкой советского Наркомата внутренних дел. Он станет одним из заметных специалистов в немецком атомном проекте и добьется в своих исследованиях значительных результатов.
В конце сентября 1939 года в Берлине в здании департамента вооружений было проведено совещание физиков и представителей руководства вооруженных сил. В его работе приняли участие физики Гартек, Гейгер, Боте, Дибнер, Флюгге и Маттаух. Они являлись разработчиками меморандума об образовании «Уранового ферайна» («Уранового сообщества») и программы его деятельности, главной целью которой был поиск путей использования атомной энергии в военных целях. Позже к ним присоединились Гейзенберг и Вейцзеккер.
Правительство официально утвердило «Проект U» («Урановый проект») как составную часть программы научных исследований военного значения. Научным центром этого проекта стал Физический институт Общества кайзера Вильгельма. В Германии он занимал такое же место, как в СССР Академия наук. В 20-х годах этим институтом руководил Альберт Эйнштейн. В 1939 году его ректором был назначен Вернер Гейзенберг. К участию в исследованиях по «Проекту U» были подключены физико-химические институты Гамбургского, Лейпцигского и Гейдельбергского университетов.
В течение зимы 1939/40 года Гейзенберг завершил теоретические работы, объясняющие принципиальную разницу между урановым котлом и урановой бомбой.