Зенитное вооружение фрегатов, за редким исключением, предназначено только для самообороны. Но даже при наличии ЗРК дело это очень сложное. Средства освещения воздушной обстановки корабля могут обнаружить крылатую ракету, летящую на высоте 15 м на дистанции, не превышающей 30 км. На поражение даже цели, летящей на дозвуковой скорости, остается не более одной минуты. Причем большинство комплексов могут поражать воздушные цели только последовательно. В этой ситуации большую ценность приобретают зенитные артиллерийские комплексы (ЗАК) малого калибра. Не уступая ЗРК в реакции и являясь одноканальным по цели, ЗАК может вести огонь практически до собственного борта, то есть не имеет мертвой зоны. Проведенные расчеты показывают, что современный фрегат при самых благоприятных условиях может сбить столько крылатых ракет, сколько имеет ЗРК и ЗАК с одного борта, то есть не более трех. Лишь корабли типа Oliver И. Perry, да еще с десяток фрегатов других стран, а также строящиеся германские фрегаты имеют ЗРК коллективной обороны. С точки зрения количества сбитых целей большого прироста они не дают. Дело в том, что каждый из этих комплексов в ходе отражения одного удара реально сможет сбить по одной цели. Но если комплексы самообороны способны «перехватить» воздушные цели, пролетающие мимо фрегата в сторону обороняемого судна, на удалении всего лишь нескольких километров, то ЗРК средней дальности-порядка 10 км. Поэтому они и называются ЗРК коллективной обороны. Такая «непопулярность» вызвана как стоимостью таких комплексов и их массогабаритными характеристиками, так и предполагаемыми условиями боевого применением фрегатов различных стран.
В последнее десятилетие началось массовое вооружение фрегатов противокорабельными крылатыми ракетами. Способствовало этому успешное применение этого оружия в локальных конфликтах, а также его относительная компактность и дешевизна. В большинстве случаев их предназначение сродни торпедам на эскортных миноносцах -оборона от более мощного противника. Однако в ряде стран с помощью противокорабельных ракет придают наступательные качества своим кораблям для демонстрации силы и решимости отстаивать свои интересы. Действительно, для уничтожения или полного вывода из строя боевого корабля класса эсминец-фрегат достаточно попадания 2 - 3 крылатых ракет, а большинство современных фрегатов могут сформировать четырехракетный залп, что для одиночного противника почти смертельно.
С этой же целью вооружают фрегаты артиллерией среднего калибра. Ведь для вывода из строя корабля класса фрегат достаточно добиться порядка 10 попаданий снарядов калибром 100-130 мм. Кроме этого, давно замечено, что несколько залпов по курсу судна-нарушителя, как правило, оказывается куда более действенным способом его задержания, чем многократные увещевания по связи. А именно обеспечение юрисдикции над своими огромными экономическими зонами в настоящее время становится чуть ли не самой главной задачей многих прибрежных государств. Кроме того, артиллерия среднего калибра может эффективно использоваться для обстрела береговых объектов и огневой поддержки десанта.