Оттон Швабский одолел герцога Генриха Сварливого в Пассау, пленил его и доставил к Пасхе 978 года в Магдебург. Для герцога Генриха настали тяжелые времена. Его заключили под арест, а члены его семьи на долгие годы оказались раскиданы по разным уголкам Европы. Герцогство Бавария аннексировали, а имущество герцога конфисковали. Император отобрал у герцога все его чины и награды, а самого его приказал отправить в ссылку в Утрехт под начало епископа Фолькмара.
Во время этих событий 29 июня 976 года умер архиепископ Геро Кельнский – епископ, приказавший изготовить распятие, названное в его честь «крест Геро». На одно из важнейших кресел – архиепископа Кельна получил назначение Варин, о котором еще будет сказано в нашем повествовании.
Точно не известно, когда Генрих, сын Сварливого, поступил в соборную школу Хильдесгейма, но это должно было случиться довольно скоро после событий в Магдебурге. Вполне вероятно, судьбу ребенка также определили решения, принятые там. Прием в соборную школу означал одновременно подготовку к духовному поприщу, после того как отец потерял все титулы и имущество. Со стороны императора, учитывавшего продолжавшиеся в семье распри, такая мера предосторожности не казалась излишней, хотя вообще-то среди тогдашней знати совсем было не принято давать детям духовное образование.
В результате магдебургских решений Генрих в самые определяющие годы детства лишился как материнской, так и отцовской опеки и заботы. Несмотря на то что соборная школа Хильдесгейма в те времена считалась одной из лучших в империи, годы детства, проведенные Генрихом вместе с родителями и сестрами и братьями, остались для него удивительнейшим временем, а разлука с ними нанесла ему непоправимую психологическую травму на всю оставшуюся жизнь.
Священник Тангмар являлся руководителем школы и сам вел занятия. Тангмар позднее составил жизнеописание епископа Бернварда Хильдесгеймского, являвшегося одно время одним из его учеников. Правда, Бернвард преподавал молодому королю Оттону III с 987 года до своего назначения на пост епископа 15 января 993 года. В тот непростой период, когда Генрих находился в Хильдесгейме, Бернвард некоторое время жил у своего деда, графа Адальбера.
Единственным ставшим известным одноклассником Генриха считается Майнверк Иммендингский, назначенный впоследствии на пост епископа Падерборна. Майнверк на протяжении всей жизни оставался самым верным другом Генриха II. Даже когда все епископы империи во главе с архиепископом Арибо в 1023 году решили выступить против императора и папы, Майнверк остался верен Генриху.