Занимаясь репатриацией военнопленных, Нансен в 1920 г. впервые посетил Советскую Россию. Несмотря на огромные трудности, Советское правительство оказало Нансену всестороннее содействие и, взяв на себя определенные обязательства по репатриации военнопленных, неуклонно их выполняло. В связи с тем, что Советское правительство не было признано Лигой наций, оно вело переговоры с Нансеном не как с представителем Лиги наций, а как с самостоятельным юридическим лицом. Таков был авторитет Нансена, и таково было уважение к нему Советского правительства. Это сотрудничество укрепило взаимопонимание и доверие между Нансеном и Советским правительством. Благодаря деятельности Нансена около 450 тысяч военнопленных 27 различных национальностей вернулись домой.
Выступая против политики «санитарного кордона», проводимой Антантой в отношении Советской России, критикуя политику вмешательства во внутренние дела молодого государства, Нансен считал необходимым предоставить народам России возможность самим решить свою судьбу. Нансен выступал за признание Советской республики и уже на первой Ассамблее Лиги наций выразил сожаление по поводу отсутствия представителя Советской России. В своем отношении к Советской России Нансен руководствовался тем, что вопрос государственной власти — это дело народа, проживающего в стране, а действия народа должны оцениваться с позиций этого народа. Того,что Октябрьская революция начала новую эпоху истории, Нансен, безусловно, не понимал, так же как не понимал сущности коммунизма, на путь строительства которого вставал народ Советской России. Коммунистическое общество Нансен уподоблял первобытному коммунизму эскимосов, который он наблюдал в Гренландии.
В 1921 г. Лига наций назначила Нансена верховным комиссаром по делам русских беженцев, т. е. белоэмигрантов, которых в результате разгрома Красной Армией белых войск и интервентов оказалось за границей около полутора миллионов. Если буржуазные правительства, стремясь организовать помощь белым эмигрантам, рассчитывали использовать их либо для новых авантюр против Советского государства, либо для борьбы против национальных рабочих движений, либо в качестве дешевой рабочей силы, то Нансен видел свою задачу в организации помощи белоэмигрантам прежде всего в налаживании их возвращения на родину. А нужно сказать, что насильственно уведенная за границу рядовая казачье-крестьянская прослойка белой эмиграции, введенная в заблуждение контрреволюционными генералами и испытывающая тяжелые лишения, стремилась вернуться на родину. Однако из-за противодействия капиталистических государств основная работа Нансена пошла не по пути возвращения белоэмигрантов на родину, а по линии их размещения в капиталистических странах и трудоустройства.