В свете факелов и фальшфейеров янычары бросились на приступ. Сан-Эльмо был так освещен, что можно было видеть все, что находилось вокруг гавани, включая Сан-Анджело, откуда бомбардиры ордена наводили свои пушки на атакующих. Турки предпринимали атаки несколько раз, но были отброшены. Они потеряли около полутора тысяч убитыми. У защитников погибли только шестьдесят человек.
Турок так взбесило поражение, что они в ярости продолжали бой без какого-либо плана и всяких мыслей о передышке. Бомбардировки и бои продолжались все последующие три дня, пока 14 июня Мустафа-паша не предложил осажденным жизнь и беспрепятственный выход в обмен на капитуляцию. Но посланец был вынужден бежать обратно под градом пуль. Бомбардировки продолжились и еще усилились огнем с кораблей Пиали-паши в преддверии новой атаки, состоявшейся 16 июня.
В этот раз Мустафа-паша выставил вперед исламских фанатиков – айяларов, одурманенных гашишем. Малая батарея встретила атаку смертников орудийным огнем прямой наводкой. Затем грянули в упор залпы мушкетов и аркебуз. Каждая пуля и каждое ядро находили свою жертву, но айялары, не обращая внимания на чудовищные потери в своих рядах, достигли стен и бросились через их бреши. Рыцари встретили их пиками и мечами.
Несмотря на свой фанатизм, айялары все-таки были отбиты, и многие христиане, пораженные атакой фанатиков, подумали о чуде. Эта пауза позволила защитникам вздохнуть, перегруппироваться и собраться. Затем последовал новый штурм, на который пошли янычары. По ним снова ударили орудия, а затем и мушкеты с аркебузами. В отличие от айяларов, янычары имели возможность остановиться и перегруппироваться, но и их атака захлебнулась, даже не достигнув брешей в стене.
Драгут и Мустафа-паша, руководившие штурмом, продолжили бомбардировку, но с наступлением ночи ее прекратили. Обе стороны не могли поверить в то, что форт снова устоял. Защитники потеряли сто пятьдесят человек, число убитых у турок превысило тысячу человек. Ла Валлетт был горд за своих людей, но понимал, что его резервы подошли к концу. Тем не менее тридцать рыцарей, а также триста солдат и мальтийских волонтеров вызвались пойти и умереть с теми, кто продолжал сражаться в Сан-Эльмо.
18 июня Драгут и Мустафа-паша начали подготовку к новому штурму. Батарея на мысе Рикасоли снова господствовала над гаванью, предотвращая доставку людей и припасов в форт. В дополнение к этому турки возвели защитный барьер прямо по краю воды, отделявший Сан-Эльмо от внешнего мира. Возводить стену пришлось под непрерывным огнем как из Сан-Эльмо, так и из Сан-Анджело. Драгут лично руководил организацией блокады Сан-Эльмо с крайней оконечности мыса Тинье до тех пор, пока ядро дальнобойного орудия фота Сан-Анджело не ударило в скалу рядом с ним. Большой осколок камня поразил Драгута в голову, кровь хлынула у него из носа и ушей. Стоявший рядом Мустафа-паша счел его мертвым и, опасаясь падения боевого духа турок, приказал немедленно накрыть тело плащом и скрытно доставить его в госпиталь Марсы. Через некоторое время также был убит командир янычар.